小中大我不是很清楚你的情况，是不是你用taqman系统，你说的现象出现在quantitation data显示的曲线中？
我作taqman没有遇到过这种情况，但是在SYBR Green中遇到过第一种现象，跟基因量和其在指数增长期的位置有关。我见到的大多数基因在quantitation data中从基线穿出就是指数曲线的模样了，但是我的一个基因从基线出来所有样本都是缓慢增长，到了norm fluoro10的－2次方才开始成为指数模式，但是范围比较窄，到了10的0次方就结束了（可能就是到了你所说的平台期），我想可能是因为最初基因的量没有达到指数增长期。至于基因的指数增长期，我想跟基因本身和系统都有关系（包括引物和探针）。我也只是猜，没有得到任何证实。
你的第二种现象我不太明白，是不是系统的反应效率低？
关于引物和探针，很幸运，我还没有遇到过太大的问题。通常我的引物都是取自别人的文献，如果查不到，老板不让我用任何引物设计软件，必须自己设计。我的一对引物用的是文献上的，但是Tm值相差很大。我在做标准曲线时，寻找退火温度成了大问题，只好一度一度的试，一段时间也是怎么试都不行，结果极不稳定，扩增效率怎么都不好。我也觉得是引物出了问题，准备换。但是后来我用rRNA稀释质粒DNA增加其稳定性，结果系统比较好了。之后我总结是由于DNA的反复冷冻溶解是其破坏引起的。
关于引物和探针这方面，我的却是没有什么经验，体会也不是很深，还需要向你多多请教。
