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标题:【求助】如何确定抗原表位?

生物迷[使用道具]
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【求助】如何确定抗原表位?


我在研究AChR-alpha亚基的抗原表位,并合成抗原多肽检测抗体,但网上软件预测的结果都不一样,与文献报道的也不尽相同。请教各位专家,已知氨基酸序列的情况下,如何预测抗原表位或者选择抗原表位多肽的原则是什么?谢谢!
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baidukk[使用道具]
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传统上的疫苗,有很多预测方法,对于多糖疫苗,却只是在探索过程中。
糖表位有自己的一些特点,比如刚性(糖分子通常有不同的glycoform),Molecular dynamics simulations in explicit solvent using as initial configurations the structures predicted by our algorithm show that the histo-blood group epitopes in these sugars are relatively rigid and that the whole family of oligosaccharides derives its conformational variability almost exclusively from their common linkage (beta-D: -GlcNAc-(1-->3)-beta-D: -Gal) which can exist in two distinct conformational states.[PMID18953494]
对于偶联conjugate的糖疫苗,载体蛋白或者肽的表位预测与传统的预测方法是一致的。[PMID: 7532630]
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yizhi[使用道具]
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已知氨基酸序列,可以制备单克隆抗体,然后通过噬菌体体十二肽库的方法筛选抗原表位。这个你看行不?
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我好些年前做过相关预测的,记得PUBMED上面有相关的子菜单中提供这一类的多肽表位的预测,你可以查查看。。
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生物迷[使用道具]
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谢谢,各位!我查了一些资料,据说,软件预测的表位多为线性表位,T细胞表位居多,而与抗体之间作用的应是B细胞表位,90%以上为构象表位。所以我想通过表达抗原蛋白,利用亲和层析的方法富集患者血清抗体,再到噬菌体肽库进行筛选,这样能够找到具有空间构象的B细胞表位吗?
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am10[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 生物迷 于 2015-9-5 14:48 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
谢谢,各位!我查了一些资料,据说,软件预测的表位多为线性表位,T细胞表位居多,而与抗体之间作用的应是B细胞表位,90%以上为构象表位。所以我想通过表达抗原蛋白,利用亲和层析的方法富集患者血清抗体,再到噬菌体肽库进行筛选,这样 ...

似乎可行,不过你要考虑AChR(——你说的应该是乙酰胆碱受体吧)表达不易得到天然构象,不溶性包涵体多见;另患者血清抗体该算多克隆的吧,如是筛选就没意义了。
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purrr[使用道具]
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不知道大家有没有想过这个问题…
通过软件预测或噬菌体display的表位肽只能说明这些肽段和MHC具有一定亲合力…而没有从细胞/分子生物学角度考量这些肽段在DCs内的命运(被酶水解,从而不能被presentation)。
这就可能导致你辛辛苦苦合成的表位肽根本没有生物学活性(虽然与MHC分子亲和力高)。
大家有没有遇到这种情况的?
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生物迷[使用道具]
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利用乙酰胆碱受体的亚基作为抗原亲和层析富集患者血清抗体,尽管是多克隆抗体,筛选的表位应是针对乙酰胆碱受体的吧!?这个问题上我很纠结,谢谢您的提问,我很想明确这一点。
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生物迷[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 purrr 于 2015-9-5 14:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

不知道大家有没有想过这个问题…
通过软件预测或噬菌体display的表位肽只能说明这些肽段和MHC具有一定亲合力…而没有从细胞/分子生物学角度考量这些肽段在DCs内的命运(被酶水解,从而不能被presentation)。
这就可能 ...

这种情况应该是有的,但目前确有用于检测抗体的多肽,20余个氨基酸,国外买到的冻干粉,按说明书直接包被板子,ELISA法测抗体,条件上没有特殊要求。
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