蛋白质与蛋白组学

谢谢你的这么多精彩解答.
我在实验中碰到一个关于样本处理的问题,我们的样本是分支杆菌,因其胞壁的特殊结果,较其他细菌致密一些.我们使用超声处理后的样本来做sds-page结果条带很少，后又在超声体系中加入PMSF，仍然没有改善。比较奇怪的是，同样的样本做2-D电泳时却有很多点，请帮忙分析一下可能的原因，谢谢！

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测过浓度没有？
是不是上样量很低？

我想请教您一些问题：
关于蛋白marker，我用的是ferments的1811，有两条红色带的那种，跑胶的时候用的是10%的分离胶和4%的浓缩胶，在电泳的时候，marker只有40多及以上的能分开，28及以下的marker全都挤在一起，跑不开，即使是跑到底了也没有分开，跟溴酚兰是一个水平线。
开始以为是配胶的时候Tris缓冲液pH值的问题，后来重新滴定调整，也还是出现同样的情况。
本来认为是不是因为胶的浓度低了多以分不开小分子量的蛋白，但是后来有试过12%的也同样跑不开。
有个同学是今天跑得开，明天就跑不开了，根本没办法分开低分子量的蛋白。
但是所有的条件基本是一样的，并没有大的变化。

谢谢您的指点。

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28K左右的蛋白不能算是很小的蛋白
10K以上在12%的分离胶是可以很好的分开的
你的分离胶高度有多少？
是不是因为分离胶高度太小引起的不能完全分离？

谢谢您的指点，
分离胶的高度很大，因为浓缩胶只在梳子以下一厘米，所以我也觉得很奇怪，不知道是哪里出了问题。