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标题:【讨论帖】western blot问题解答

mamamiya[使用道具]
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还有,对于我这次做co-IP的结果很是有点搞不懂,希望高人指教:
第一次做忘记上总蛋白的对照了,但是上清都有目的条带出来,应该可以作为参考吧!
问题是:
我顺便又孵了一下actin和GAPDH,但是出来的条带很是奇怪,GAPDH 的条带是符合预期的,在两个上清中都有,而beads中没有,可是为啥actin在所有的beads中和IgG上清中有,而在IP的上清中没有呢?
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请教大家几个问题:
1、我做的是人肿瘤细胞,钙网蛋白(calreticulin, CRT/CALR),刚开始用的是abcam的兔源多抗ab4,怎么都没有条带,投诉后换了同样是兔多抗的ab2904,条带出来了(单一且位置符合)。但是现在由于做IP,换了个其他实验室使用的很好的stressgen的鼠单抗,居然又没有出来(条件和他们实验室一样,甚至增加了3倍的浓度,延长孵育时间都没有),而且用的是同一张膜,先用的abcam的兔多抗,条带很强,但是由于和IgG重链没有分开,所以重新洗膜后再孵stressgen的鼠单抗,结果连阳性对照都没有出来,再用同一张膜重新孵育abcam的兔多抗,又出来了,这是什么原因呢?

2、接上面的问题,对于同一张膜,同一个蛋白使用不同的来源的抗体,条带应该在一个位置吗?

3、再接上面的问题,我的IP目的蛋白是64KDa,IgG重链是50,我现在用的是12.5%的胶,120V跑上层,80V下层跑3小时,结果由于IgG太强,掩盖了目的蛋白的信息,本来想换鼠源性的抗体来回避这个问题的,但是由于那个鼠源性的抗体一直没有出来,那只有在兔源抗体上想办法了。我除了降低IP的抗体浓度以外(厂家只说可以做IP,但是没有推荐浓度,ICC的推荐浓度是1/300,我这次做IP用的是1/100),还想通过改变下层胶的浓度是电泳时间来再将64-50两个条带拉开一些,有没有什么建议啊?有说如果电泳时间过长会使条带弥散,最长可以跑多长时间?

4、在我的试验中,两种不同的细胞A和B蛋白本来表达就有差异,如何做IP,比较这两个不同细胞中A蛋白与B蛋白结合能力的强弱呢?是不是只能靠调整上样量啊?例如在药物处理后的细胞中A蛋白的量是未处理细胞的两倍,那在做IP时,将药物处理后的细胞的蛋白量少上一半啊?有没有其他的办法啊?

5、还有一个ICC的荧光二抗的问题,我使用的是proteintech的cy3兔抗,厂家推荐是1:20-100,我稀释到1:600都有假阳性(用PBS代替一抗),用没有哪位用过该厂家的该荧光二抗啊?

=====================

你的问题我不是很明白
不好意思
你为什么不用WB试试?
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还有,对于我这次做IP的结果很是有点搞不懂,希望高人指教:
第一次做忘记上总蛋白的对照了,但是上清都有目的条带出来,应该可以作为参考吧!
问题是:
我顺便又孵了一下actin和GAPDH,但是出来的条带很是奇怪,GAPDH 的条带是符合预期的,在两个上清中都有,而beads中没有,可是为啥actin在所有的beads中和IgG上清中有,而在IP的上清中没有呢?

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抗体与actin有非特异性结合
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请教大家几个问题:
1、我做的是人肿瘤细胞,钙网蛋白(calreticulin, CRT/CALR),刚开始用的是abcam的兔源多抗ab4,怎么都没有条带,投诉后换了同样是兔多抗的ab2904,条带出来了(单一且位置符合)。但是现在由于做IP,换了个其他实验室使用的很好的stressgen的鼠单抗,居然又没有出来(条件和他们实验室一样,甚至增加了3倍的浓度,延长孵育时间都没有),而且用的是同一张膜,先用的abcam的兔多抗,条带很强,但是由于和IgG重链没有分开,所以重新洗膜后再孵stressgen的鼠单抗,结果连阳性对照都没有出来,再用同一张膜重新孵育abcam的兔多抗,又出来了,这是什么原因呢?

2、接上面的问题,对于同一张膜,同一个蛋白使用不同的来源的抗体,条带应该在一个位置吗?

3、再接上面的问题,我的IP目的蛋白是64KDa,IgG重链是50,我现在用的是12.5%的胶,120V跑上层,80V下层跑3小时,结果由于IgG太强,掩盖了目的蛋白的信息,本来想换鼠源性的抗体来回避这个问题的,但是由于那个鼠源性的抗体一直没有出来,那只有在兔源抗体上想办法了。我除了降低IP的抗体浓度以外(厂家只说可以做IP,但是没有推荐浓度,ICC的推荐浓度是1/300,我这次做IP用的是1/100),还想通过改变下层胶的浓度是电泳时间来再将64-50两个条带拉开一些,有没有什么建议啊?有说如果电泳时间过长会使条带弥散,最长可以跑多长时间?

4、在我的试验中,两种不同的细胞A和B蛋白本来表达就有差异,如何做IP,比较这两个不同细胞中A蛋白与B蛋白结合能力的强弱呢?是不是只能靠调整上样量啊?例如在药物处理后的细胞中A蛋白的量是未处理细胞的两倍,那在做IP时,将药物处理后的细胞的蛋白量少上一半啊?有没有其他的办法啊?

5、还有一个ICC的荧光二抗的问题,我使用的是proteintech的cy3兔抗,厂家推荐是1:20-100,我稀释到1:600都有假阳性(用PBS代替一抗),用没有哪位用过该厂家的该荧光二抗啊?

你的问题我不是很明白
不好意思
你为什么不用WB试试?

不好意思是co-IP。漏写了,我是想做CRT和另一个分子伴侣的相互作用。请指教!
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你的问题我不是很明白
不好意思
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不好意思是co-IP,漏写co了,是想做CRT和另一个分子伴侣之间的相互作用。谢谢
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抗体与actin有非特异性结合

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如果是非特异结合的话,那为什么co-IP的上清也没有出来呢?
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wood533[使用道具]
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伯乐半干转膜仪,伯乐PVDF膜,转移缓冲液配方(48mmol/L Tris,39mmol/L甘氨酸,0.037% SDS,20%甲醇):
甘氨酸(MW75.07) 2.9g
Tris(MW121.14) 5.8g
SDS 0.37g
甲醇 200ml
蒸馏水至 1000ml

我试过1.5mA/cm2,2h,但只在95kD处有模糊条带(90ug蛋白,电泳后直接考染,110-130都有明显条带,转膜后,凝胶上肉眼看不见明显条带,但膜上丽春红染色液也看不到条带)。请教楼主,我该怎么改进,是不是转膜时间还要增加啊
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QUOTE:
原帖由 wood533 于 2013-3-2 09:38 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
伯乐半干转膜仪,伯乐PVDF膜,转移缓冲液配方(48mmol/L Tris,39mmol/L甘氨酸,0.037% SDS,20%甲醇):
甘氨酸(MW75.07) 2.9g
Tris(MW121.14) 5.8g
SDS 0.37g
甲醇 200ml
蒸馏水至 1000ml

我试过1.5mA/cm2,2h,但只在95kD处有模糊条带(90u ...

你的目的是什么?
请说清楚
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wood533[使用道具]
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原帖由 NBA 于 2013-3-2 09:40 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


你的目的是什么?
请说清楚

目的:110-130kD的转膜条件。
我按1.5mA/cm2,2h半干转膜,曝光出来只在95kD处有点条带,而且还不是很明显。
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NBA[使用道具]
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原帖由 wood533 于 2013-3-2 09:40 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


目的:110-130kD的转膜条件。
我按1.5mA/cm2,2h半干转膜,曝光出来只在95kD处有点条带,而且还不是很明显。

1、marker指示不准确
2、抗体非特异性结合
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