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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

yueban-1147[使用道具]
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请问snp位点找到了,但是在哪儿可以查到内切酶,怎么查
请教,怎么寻找SNP位点,需要做那些工作呢?
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sunbent[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 yueban-1147 于 2014-7-29 17:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请问snp位点找到了,但是在哪儿可以查到内切酶,怎么查
请教,怎么寻找SNP位点,需要做那些工作呢?


你可以参考此贴:
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&amp');id=11164794&sty=3&keywords=watcut+%C3%B8%C7%D0
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birdfish[使用道具]
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请教,怎么寻找SNP位点,需要做那些工作呢?
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mysmdbl[使用道具]
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你是要根据基因还是根据疾病?
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toy[使用道具]
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你好,我的目的片段分别为129bp和170bp,我是做RFLP验证SNP位点。我直接拿pcr产物测序时说片段太小,测不出来,有什么方法可以检测出片段呢?
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duoduo[使用道具]
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根据snp为点直接作pcr建议长度在
400-500bp
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qqq111[使用道具]
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1、在文献中看到,对同一个基因,不同的人会用不同的微卫星标记(STR),一个候选基因的STR会有多少,按要做连锁来说,选择的STR越接近候选基因越好。请问我怎样才能选到候选基因附近的STR做连锁呢?一个候选基因一般选几个候选基因好。
2、按您的做法,我在UCSC中查找RHO基因,跳出的界面(cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr3:130730172-130736877&amp');hgsid=114279453&knownGene=pack&hgFind.matches=uc003emt.1,)有很多的rs号,可没看到STR号。
3、本人也在NCBI MapViewer上点击相应的染色体号(如3号染色体),跳出的图中并没有Marker,而在此(NCBI MapViewer)检索界面输进 D3S3606时就有Marker号,但有很多文献报道都没有的,要直接输进文献中STR号找才行。命名也很多不同(如SHGC-148920,WIAF-2146),文献中多用D?S?形式。
4、所以,还是再次请问:应该如何去找到某一基因(如RHO,3q22.1 )附近的STR呢,本人新手正想做连锁分析,还望各位前辈包容这就话题~希望各位前辈赐教,不胜感激,热切期待中~
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utt0989[使用道具]
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1、str不是在snp数据库,一般都在dcode数据库或sts数据库,你要选sts
2、你那个区域选择只有6k,太小了,一般str间距都比较大,你改成100k-1m看看吧

我建议你好好研究一下不同物理和遗传图谱的作用,有很大好处
cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks')
这个是修改过的
附件是以前我作夜盲时找的
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idea2011[使用道具]
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根据snp为点直接作pcr建议长度在
400-500bp

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我根据一篇文献选取的,RFLP已经做完发现测序验证有困难,现在还有补救的方法么?重新选扩增片段意味着全部重做,工作量太大了
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any333[使用道具]
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你的片断多大
可以在pcr引物内侧1-20bp
在设计一个测序引物,pcr产物回收时
注意丢失的情况,应该可以有改善
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