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标题:[求助]请指正荧光siRNA细胞周期检测的步骤

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[求助]请指正荧光siRNA细胞周期检测的步骤




本人要转染荧光 的FAM-siRNA,检测细胞周期,写了一个步骤,请大家指正:

接种细胞于6孔板上,50%满度,隔夜培养至80%满度,转染FAM-siRNA,培养48小时后,
1)  在板内用PBS洗涤3次,然后胰酶消化细胞,PBS终止消化后将细胞分别收集至EP管中,用加样枪轻柔吹打细胞,使成为单细胞悬液,1000 rpm离心5 min;
2)  加0.5ml 4% 多聚甲醛室温固定20min;
3)  将固定的细胞同上离心,1ml PBS洗涤一次。
4)  用1ml 0.1% Triton-X 100(PBS配制)重悬细胞,室温孵育15min,同上离心。
5)  200μl 50μg/ml的RNase于37℃处理10min,PBS洗涤一次,同上离心。
6)  4℃下,300μl 5μg/ml PI避光染色标记细胞内DNA,室温下避光孵育30min,
7)  上机检测。

问题:
1. 0.5ml 4% 多聚甲醛固定时间是否合适,能否像预冷乙醇一样放置几天
2. 0.1% Triton-X 100是否是必须用的,我看一些步骤有用 也有不用的
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1,这种方法可以,但此法出来的峰CV值较高,不是很好看。
2,必须,不用的话,Rnase无法通透。你看到有不用的,固定方法应该有所不同。
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1,这种方法可以,但此法出来的峰CV值较高,不是很好看。
2,必须,不用的话,Rnase无法通透。你看到有不用的,固定方法应该有所不同。

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谢谢你的回复

1. 4%多聚甲醛固定后,能保存几天? 4℃还是-20℃?
2. 同样是预冷70%乙醇,我看有些用了triton有些没用
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4
 
建议用70%的乙醇固定,无需打孔。

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我转染荧光标记的siRNA,文献报道用乙醇固定怕有泄漏
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那你用Triton-X 100后,PI染料能够进入细胞内,此时难道就不会造成你的荧光标记的siRNA泄漏吗?

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这也是我心中的一个疑问,请问怎么解决?
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我的荧光siRNA只有两种:siRNA control,靶siRNA

还有上机对照问题:
1. 未转染空细胞(不染PI)
2. 未转染细胞(PI染色)

是否还要其他对照呢?
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7
 
PI染色上机检测一般不需要对照。
你的实验对照中需转染对照siRNA的PI染色就可以了。

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我想做有荧光的 和染PI的两个峰的检测,只有“转染对照siRNA的PI染色”就可以了吗

谢谢
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8
 
不需要考虑这个问题,这个应该不会影响对你实验结果。
你转染siRNA应该是为了沉默某个基因的表达,而这个过程在你标记PI前应该已经完成了,标记PI时对于这个沉默的过程不会产生影响。
你转染的siRNA同时带有FAM应该是为了区别转染成功和未转染成功的细胞,标记PI时,FAM-siRNA可能有泄漏的机会,我想总不会是所有的都从细胞中出来吧,应该是少数的会出来,对于结果影响不大,如果你担心的话,我想可以在标记PI时往样品中再加一些FAM-siRNA,提高细胞外FAM-siRNA的浓度,这样如果FAM-siRNA能从细胞内出来,出来的也会少很多吧。呵呵,只是个人的一点建议。可以做预实验试试。

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乙醇固定,会导致大部分泄露。所以一般采用多聚甲醛固定,然后triton通透。
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FAM是否阳性是为了判断siRNA是否转染成功。你的实验组数据应该是转染FAM-特异siRNA样品中FAM阳性的细胞的PI染色结果。而你的对照组数据应该是转染FAM-对照siRNA样品中FAM阳性的细胞的PI染色结果。不知道我有没有说明白。

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以前在看流式专贴的时候,有个战友提出GFP的流式检测问题,如下:


本人也是初次接触流式,此专区对本人真是受益菲浅。目前有些具体问题需要Schoman, Kassen,TCR等高人指点,先谢了!

1,本人将EGFP融合目的基因转入细胞内(该目的基因表达细胞核中),观察目的基因对细胞周期的影响。以GFP阳性细胞设门,检测该群细胞的DNA含量。看到该专区有些关于GFP设门的贴子,但具体如何设?请各位大侠能否解答的具体些。
2,我用了三个Control, 未转质粒也未染PI(Control 1),未转质粒染PI(Control 2),转质粒未染PI(Control 3),是否就是用Control 1调电压,而用Control 2和Control 3调节补偿?Control 1调到左下象限,Control 2在左上象限,Control 3则在右下象限,我觉得Control 3应该有两个细胞群(不可能有100%的转染效率),GFP阴性和阳性细胞群,但我的实验只有一个细胞群(荧光显微镜观察转染效率还是比较高的)。通过以上设置后检测我的样本,几乎100%细胞在右上象限(双阳性区),结果难以相信。
3,如果检测GFP阳性细胞的DNA含量是否就是指右上象限内的细胞的DNA含量?
4,GFP和PI分别用哪个通量,我们实验室是BD机子?

得到的回答是:
GFP用FL1,PI用FL2。
转基因阳性率高,所以你的细胞都在双阳性区是对的。
你应该分析转基因前和后的细胞周期的变化;以及转空载体(或者单纯GFP)的周期。

所以我要检测FAM和PI,是否也要那样做呢?
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