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标题:[求助]IC50的计算

大白菜[使用道具]
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[求助]IC50的计算



最近做了用MTT检测药物对细胞增殖的影响,有些经验与疑惑,特与各战友分享,讨论:

要求计算出IC50, 我有两个问题:

1. 比如药物浓度梯度为0,25,50,100,200,300,400,
MTT结果经统计学分析,0-50浓度范围内,药物对细胞增殖的影响无统计学意义(虽然实际数值有一点差异,比如:空白组OD为0.9234,25浓度组为0.9245,50组为0.9178),那么我在用SPSS计算IC50时,要求输入的抑制率中,前两组写具体值,还是写0(因为统计上是无抑制的,如果按实际算的话,那么25组还促进增殖呢,怎么可以算做抑制?)?

2. 如果真的出现药物在低浓度促进细胞增殖,高浓度抑制细胞增殖,那又怎么向SPSS中输入抑制率?从0开始输入,还是从真正出现抑制的那个浓度输入?

3. 同样的结果我还用Origin7.5计算了IC50,但是结果差异,我用SPSS计算的IC50为285 ug/ml, 95%可信区间为255-316ug/ml。 而用Origin计算的是321,但没有区间,
所以个人认为,SPSS计算IC50更专业,更有说服力一些,请各战友讨论,谢谢!!
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小鱼鱼[使用道具]
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我前段时间也在做MTT,关于IC50有点小经验,希望对你有帮助,但所知尚浅,见谅。
如果真的出现药物在低浓度促进细胞增殖,高浓度抑制细胞增殖,那又怎么向SPSS中输入抑制率?从0开始输入,还是从真正出现抑制的那个浓度输入?
关于你这个问题,我觉得要看你试验的目的,如果你要做的是抑制试验,而且接下去的试验都是跟抑制有关的,比如抑制蛋白表达、运动能力,那你就从有抑制率的浓度开始做起。相反,如果你想做促进,你就在低浓度里取浓度。就算你两者都要做,分开计算也合理的。
关于用spss还是origin计算IC50,有一篇文章专门介绍(在中国知网上,你打上mtt就可以搜到,好像是06年的文章。不知你哪里能不能上中国知网),如果你需要,可以跟我联系,我计算IC50就是根据里面做的。我比较推崇用spss做。
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abc816[使用道具]
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怎么会?
虽然我没用过spss,但是IC50计算是用逻辑方程拟合的~无论哪种软件。
你计算出的IC50不同很可能是你选择拟合公式或者输入上有错误。
不同的重复IC50或者Ki值相差5倍之内是可以被接受的...
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abc816[使用道具]
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抑制率自己用excel算好了 再粘贴...
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大白菜[使用道具]
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我前段时间也在做MTT,关于IC50有点小经验,希望对你有帮助,但所知尚浅,见谅。
如果真的出现药物在低浓度促进细胞增殖,高浓度抑制细胞增殖,那又怎么向SPSS中输入抑制率?从0开始输入,还是从真正出现抑制的那个浓度输入?
关于你这个问题,我觉得要看你试验的目的,如果你要做的是抑制试验,而且接下去的试验都是跟抑制有关的,比如抑制蛋白表达、运动能力,那你就从有抑制率的浓度开始做起。相反,如果你想做促进,你就在低浓度里取浓度。就算你两者都要做,分开计算也合理的。
关于用spss还是origin计算IC50,有一篇文章专门介绍(在中国知网上,你打上mtt就可以搜到,好像是06年的文章。不知你哪里能不能上中国知网),如果你需要,可以跟我联系,我计算IC50就是根据里面做的。我比较推崇用spss做。

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谢谢您的解答,我也推崇用SPSS,您说的文章是以下这篇吧,07年的:

"小议在MTT法测细胞增殖抑制率中IC50的计算方法"

我也是参考这篇的。。
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大白菜[使用道具]
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怎么会?
虽然我没用过spss,但是IC50计算是用逻辑方程拟合的~无论哪种软件。
你计算出的IC50不同很可能是你选择拟合公式或者输入上有错误。
不同的重复IC50或者Ki值相差5倍之内是可以被接受的...

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没有错误,就是有这个差异。。我的确碰到了这个问题,算过很多次,检查了很多遍。。。
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abc816[使用道具]
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如果没错误 那就是2种软件的 拟合方法是有差异的 就像很多软件估算引物的Tm值一样,但是总体差异不大,我说过了不同重复的IC50差异在5倍之内均可以被接受...所以选定一种软件就好了~
我们衡量世界的方法仍然是自己建立的系统 因此在系统内能被认可就可以 真正的真理也许是独立之外的
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大白菜[使用道具]
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如果没错误 那就是2种软件的 拟合方法是有差异的 就像很多软件估算引物的Tm值一样,但是总体差异不大,我说过了不同重复的IC50差异在5倍之内均可以被接受...所以选定一种软件就好了~
我们衡量世界的方法仍然是自己建立的系统 因此在系统内能被认可就可以 真正的真理也许是独立之外的

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同意,谢谢。推崇SPSS,感觉ORIGIN处理方法有些过于简单,不过5倍是什么概念?比如我SPSS做的IC50是280ug/ml,那origin做的IC50再大5倍就上千了。。如何理解?
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abc816[使用道具]
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在化合物帅选中 5倍之内可以视为没有差异 具体你可以参阅一些化合物帅选的文献
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