小中大阳性克隆是整合上质粒的克隆，有荧光，有目的基因表达。先看荧光，有荧光的克隆挑出来扩增了以后鉴定目的基因的表达。
阴性克隆是没有整合进质粒的克隆，产生了耐药性，也能存活，但没有荧光，没有目的基因的表达。
形态及其变异的细胞。
由于转染、药物、单细胞生长而缺乏旁分泌作用，有些细胞变异了，这些细胞一般状态很差，虽然能活下来，但基本上是长不起来的，或者长得很慢，挑克隆的时候尽量不要挑这种细胞。
平均每孔也就是1个细胞。
所谓单克隆化就是这个意思，要保证一孔一个细胞才能达到单克隆化的效果。单克隆化的目的是使同一个细胞来源的某个基因表达较强的亚克隆得以分选出来，进一步增强目的基因的表达。但也不是所有的细胞都能承受这种筛选。如果细胞很难长，也可以不做单克隆化，能挑出一个单克隆就可以了，甚至可以挑几个放在一起养或者用流式分选，这样做出的是混合克隆，不适合长期使用，但基本够你把课题做完了。
“细胞集落”荧光显微镜下看就没有荧光蛋白表达。
因为你用的质粒是pires2-egfp，用IRES表达EGFP的缺陷就在于IRES元件前后的基因表达效率比约10：1，也就是说EGFP的表达效率是比较弱的，瞬时表达还行，稳定表达荧光一般都会比较弱，甚至明明整合上去了就是看不到荧光，虽然没有荧光，但目的基因的过表达还是会比较明显。所以你的克隆很难说是阳性克隆还是阴性克隆。我做的时候是用双启动子的载体，EGFP和目的基因分别有一个启动子，EGFP和目的基因的表达效率差不多，如果整合了，荧光是比较强的，筛选要比IRES准确。
