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一般酶标仪的测定波长在400～750nm或800nm之间，450nm和492 nm两个波长是目前ELISA测定最常用的。各种酶标仪都配有放置滤光片的可自动转换的部件，可以同时安装6～8片滤光片。有的酶标仪以490nm滤光片替代492nm滤光片，影响不大。除了这两个基本滤光片外，考虑到双波长比色的需要，还应有620nm或630nm或650nm和405nm波长的滤光片，其他滤光片可根据自己的需要选择。
酶标仪有单波长和双波长检测功能有时使用者不知在什么情况下使用单或双波长检测。所谓的“单波长”就是使用一种对显色具最大吸收的波长即450 nm或492 nm进行比色测定；而“双波长”则除了用对显色具最大吸收的波长即450 nm或492 nm进行比色测定外，同时用对特异显色不敏感的波长如630 nm进行测定，酶标仪最后打印出来的吸光度则为二者之差。630 nm波长下得到的吸光度是非特异的，来自于板孑L上诸如指纹、灰尘、脏物等所致的吸收。因此，最好使用双波长，且不必设空白孔。
