[求助]关于流式结果直方图与散点图的选择问题

细胞世界 » 讨论区 » 经验共享 » [求助]关于流式结果直方图与散点图的选择问题

需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:[求助]关于流式结果直方图与散点图的选择问题

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:16 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请教各位流式结果在分析的时候什么时候用直方图什么时候用散点图？
我的理解是一般只染单色时用直方图多一些，而多色荧光标记时为表现荧光间组合多用散点图。不知更准确的使用范围应该是怎么样的？最近在投文章时审稿人提出我的阳性细胞率比较少，应该用直方图，而我用的散点图。我是在测CD4 +细胞上一个分子的表达。究竟标准是什么样的希望高人指点！谢谢！

mamamiya[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 72974
精华 0
积分 653
帖子 986
信誉分 100
可用分 5763
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-16
状态离线

发表于 2012-5-18 12:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

would you mind upload you Figures?

Which Journal?

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

版主好, 图在下面。不过是DC上的一分子。
投的JMCC。
comment as followed:
Since the authors could only detect small percentages of **positive mDCs by flow cytometry , they should use normalized mean fluorescence intensities instead of percentages of positive cells.
不知版主有何高见？

附件

2012-5-18 12:17

13403603.snap.jpg (22.91 KB)

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

另外还有一个问题一并请教。
我的理解在划十字线确定细胞群的时候，划在哪个10的几次方的位置完全取决于同型对照，只要都是以同型为标准划的线，后面的样本得到的数据就是有意义的，而且是准确的。不知道这样理解有没有问题。请您多指教！

mamamiya[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 72974
精华 0
积分 653
帖子 986
信誉分 100
可用分 5763
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-16
状态离线

发表于 2012-5-18 12:18 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我感觉如果整个细胞群体在染色时荧光强度发生整体性的偏移的时候，用直方图分析MFI会比较有意义，如果是染色中细胞分为了不同群体，那么我个人倾向与采用散点图分析，事实上，对于一些本来就是含量十分稀有的细胞，我认为应该用散点图分析。比如就造血干细胞而言，骨髓核外周血中干细胞含量差别是肯定存在的，用散点图应该还可以分析出骨髓标本核外周血标本中的含量差异，但是如果用直方图来分析MFI，估计就是看不出来了。

从上面的图来看，总体细胞取的也比较少（大约是默认的10000个），而且阳性染色并非很强烈，因此分群不是很清晰，但我个人感觉，阳性细胞还是一个特定的群体，因此我倾向与LZ的采用的分析方法，而不赞同reviewer的意见。如果LZ准备坚持自己的观点，可以试图找一些高影响因子的文章以及该杂志以往的文章作为方法学的佐证，客气的向编辑表明自己的看法。

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
关于第二个问题，私下认为其实不能完全排除抗体非特异性标记的影响，但目前也没有更好的对照手段，所有LZ说的观点应该是被普遍接受的。

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:18 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢版主的解答。DC在外周血本身就较少，获100000gate里也就这些细胞了。

还有第二个问题请版主一并帮我解答了吧

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:19 资料个人空间短消息加为好友

小中大

对不起没有注意看下面一行的回答。
不过版主，我的重点是划线的位置，惯例大家是划在10的1次方。然而一些情况下如果为了看清整个细胞群，我是不是可以划在10的任意次方（只是打个比方，一般也就在10的1到2之间的位置），只要是依据同型来划？当然前提是不要让细胞跑到视野以外。请您释疑。谢了！

mamamiya[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 72974
精华 0
积分 653
帖子 986
信誉分 100
可用分 5763
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-16
状态离线

发表于 2012-5-18 12:19 资料个人空间短消息加为好友

小中大

是的，不是很重要。如果为了把它压到10^1以内，有时细胞形态非常不舒展，只要尽量在这个范围左右就可以了。

可以要求gate中获取20000～50000试试，呵呵

tudou85[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77498
精华 0
积分 394
帖子 468
信誉分 100
可用分 3171
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2012-5-18 12:20 资料个人空间短消息加为好友

小中大

mamamiya[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 72974
精华 0
积分 653
帖子 986
信誉分 100
可用分 5763
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-16
状态离线

发表于 2012-5-18 12:20 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢版主的及时回复，总算证明自己的理解没错。一直都是自己在看书，摸索着做，也不知道就近对不对。这下放心了。

还是在相同的文章里，做CD4的时候我卡在10^1,CD8的时候我卡在10^1~2之间的一个位置。但所有的CD4的图都在一个位置，CD8的在一个位置，结果reviewer就说这样不行。我要和他理论一下。

呵呵，多谢指教！真的非常感谢

——————————————————————————————————————————————

和reviewer争论，务必要委婉，先承认他的建议的合理性，然后解释清楚你这样处理的原因。