生物实验技术

来自新加坡和泰国的一个国际研究小组通过外显子组测序，发现与肝吸虫感染相关的一种胆管癌似乎与胰腺胆管腺癌共享一些突变模式，该成果于5月6日在线发表于《Nature Genetics》上。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
新加坡国立癌症中心和泰国孔敬大学（Khon Kaen University）等机构的研究人员对8名胆管癌（CCA）患者的肿瘤-正常样本进行全外显子组测序，在肿瘤外显子组的近200个基因中发现了突变，包括已知的癌基因TP53和KRAS。
胆管癌是指源于肝外胆管，包括肝门区至胆总管下端的恶性肿瘤。近十年来胆管癌发病率逐年升高，在个别高发地区十年来胆管癌发病率甚至已经翻番。在东南亚，由于吃生鱼感染肝吸虫者导致胆道感染、胆汁淤滞、胆管周围纤维化和胆管增生，是导致胆管癌发生的因素之一。如果有吃富有亚硝酸食物习惯的地区，更增加诱癌的可能。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
通过几十名胆管癌患者的后续分析，他们能够检测出在癌症中经常受影响的基因和通路。一些突变是胆管癌特异的，而其他遗传特征则类似于之前报道的胰腺胆管腺癌（PDAC）。
文章的共同第一作者Choon Kiat Ong和Chutima Subimerb认为：“综合起来，这些结果表明，在分子水平胆管癌和胰腺胆管腺癌在突变谱上有着更多的共同点，表明CCA和PDAC肿瘤发生共享了一些信号通路。”生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
在这项研究中，研究人员利用安捷伦的SureSelect序列富集系统从8名癌症患者的肿瘤-正常样本中捕获了编码序列，并利用Illumina GAIIx或HiSeq 2000测序仪进行测序，平均覆盖度达80倍。他们在每个肿瘤中发现了19-34个突变，平均每个有26个突变。
在206个经过Sanger验证的体细胞突变中，他们发现有13个突变至少存在于两个CCA肿瘤外显子组中，并利用定向Sanger测序在另外46名患者中检测。他们还检测了另两个基因（CDKN2A和PTEN），以便将CCA的突变模式与之前报道的肝癌HCC和胰腺癌PDAC进行比较。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
在外显子组或定向测序所检测的所有54个肿瘤中，TP53是最频繁突变的基因， 44%的CCA病例中携带非同义突变。其他反复突变的基因包括KRAS、SMAD4、MLL3等。
当研究小组考虑到基因功能和突变的可能后果时，他们发现肝吸虫相关的胆管癌包含了可能导致基因组不稳定、G蛋白信号通路增强以及组蛋白修饰改变的突变。他们还注意到，就单个基因和整个突变谱而言，胆管癌似乎与胰腺胆管腺癌有着更多相同的突变特征，而不是与肝癌。