GridION测序仪采用新一代测序技术,可辨别变异菌种

来自英国的OxfordNanopore公司最新研发了一种称为GridION的测序仪,这个系统采用外切酶测序。基于“芯片上的实验室”技术,将多个电子元件整合进一个支架状的装置。一个蛋白纳米孔整合进磷脂双分子层,位于微池顶部,并配有电极。许多微池被整合入一个阵列芯片,每个模块控制一个芯片,整合包括用于样品制备、检测和分析的液体流动和电子系统。样品被引入模块,这个模块插入一个叫GridION节点的装置。这个测序系统由数个充满可任意使用的测试盒(cartridge)的节点构成,每个盒内又包含了多个纳米孔。  


    每个GridION的节点和测试盒,最初的设计规模都是每天传输万兆字节的数据量。一开始,公司为每个盒内配备2000个纳米孔,但最后还是采用了20个节点,8000个纳米孔的配置,这样才有可能在15分钟内完整传输一个人的基因。  


    每个节点可以单独使用也可以成簇使用,所有节点间可以实时互相沟通、可以同用户的网络系统和存储系统进行沟通。虽然该平台的主要用于DNA测序,但它也可以进行调整(对α溶血素蛋白纳米孔进行适当调整)而用于蛋白质和小分子的检测。  


    在去年召开的美国微生物学会上,来自明斯特大学的医学微生物学家DagHarmsen开始听到了有关德国大肠杆菌疫情爆发的传言.Harmsen教授在这场疫情中发挥了重要的作用--他们通过将引发此次疫情的O104:H4型肠出血性大肠杆菌与2001年采集自一名溶血性尿毒症(HUS)体内的O104:H4型肠出血性大肠杆菌进行基因对比后,发现,两种菌株并非同源,引起此次德国EHEC暴发的O104:H4菌株来自一种肠聚集性大肠杆菌EAECO104:H455989菌株的变异,其中还掺杂了一种目前未知的由志贺毒素产生的O104:H4菌株。在这一场“战役”中,Harmsen教授主要采用的就是新一代测序技术.