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妊娠期弓形虫感染的治疗方法各个国家有所不同。在德国，胎儿未感染时，给予乙酰螺旋霉素，妊娠期第16周开始给予至少4周的乙胺嘧啶，磺胺嘧啶，甲酰四氢叶酸治疗。如果PCR确诊胎儿被感染，或超声显示胎儿有严重症状（脑水肿，心室膨胀），在监测母血乙胺嘧啶和磺胺嘧啶浓度和可能不良反应的前提下，治疗延续至分娩。在其它欧洲国家，比如法国，除非证实胎儿已被感染，否则只给予乙酰螺旋霉素治疗。

为了评估德国疗法的效率，德国哥廷根医学中心的研究者Andrea Hotop等人对妊娠期母亲和胎儿始发感染显示出血清学一致性的685名患者进行了回顾性分析。相关成果发表在Clinical Infectious Diseases杂志2012年最新一期。

结果显示，随着妊娠期的延后，传染给胎儿的机率不断增加，临床表征的危险下降。与其它国家的治疗方式相比，德国疗法的总体传染率(4.8%)和新生儿的临床表现率(1.6%)均更低。

由此研究者得出结论，从开始诊断为急性感染开始使用乙酰螺旋霉素，至孕期16周时继之以乙胺嘧啶，磺胺嘧啶，甲酰四氢叶酸治疗4周并伴随标准化的随访可以有效减少经胎盘传染及新生儿的疾病负荷。