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转染效率低的原因可从以下几方面找：
1 质粒DNA或脂质体含有血清，或混和液中含有血清。 对策：用无血清培养基或invitrogen配置的Opti-MEM培养基。
2 质粒DNA和转染试剂的比率不是最优 对策：对大多数细胞而言，质粒DNA和脂质体的比例为1:2-1:3，一般要做优化实验，比例从1:0.5-1:5 逐一检测。
3 稀释及混和孵育质粒DNA、脂质体的时间过短 对策：质粒DNA和脂质体分别稀释孵育5分钟，然后将两者混和孵育20分钟
4 质粒DNA 已部分降解或质量不够好 对策：用好的质粒纯化试剂确保质粒DNA质量，正确保存，确保质粒DNA不被降解
5 细胞密度不是最优 脂质体2000的在细胞密度>90％时有比较好的转染效率，密度低于70％时可选Optifect 转染剂
6 混和加入细胞中不含血清 在转染过程中使用含有血清的培养基，细胞状态良好有利于转染效率的提高。
7 转染体系中含有抑制物 转染体系中不应包含抗生素、EDTA、柠檬酸、磷酸盐、RPMI、硫酸软骨素、透明质酸酶、硫酸葡萄糖聚酶及硫酸化蛋白聚糖
8 检验转染效率及表达的方法有问题 使用报告基因来检测转染效率，报告基因使你确定目标基因的表达
9 启动子及增强子不被包装细胞识别 确认你构建质粒上的启动子增强子与靶细胞相容
10 转染试剂保存不正确 转染试剂保存在4℃。
