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对坦桑尼亚Gombe国家公园的黑猩猩肠道微生物群落的一项长期研究发现，几个因素——包括地理、性别和年龄——影响着这种动物的菌群的组成和多样性。Howard Ochman及其同事从已知身份和亲缘关系的35只Gombe黑猩猩的粪便里分离出了微生物。系统发生学分析表明，这些Gombe黑猩猩的肠道微生物群与包括黑猩猩的其他亚种在内的其他大猿截然不同。相关研究成果刊登在了PNAS上。

与人类不同，这些黑猩猩的亲缘关系水平的增加与微生物组的更大相似性并无关联，而且这组作者发现了雄性和雌性Gombe黑猩猩的肠道微生物群的显著差异。根据这些Gombe黑猩猩的地理来源和所属社区，肠道微生物群各有不同，而且一个社区里的长期移民常常拥有最截然不同的肠道微生物群，这提示这些动物在很长的时间里保留了它们此前的肠道微生物群落的特征。

这组科研人员连续几年对几只黑猩猩进行取样，结果发现了主要的微生物组成分维持了将近10年，而且在一个具体年份收集的样本倾向于在系统发生树上群聚。这组作者提出，黑猩猩是我们的最近亲，而它们的肠道微生物群的动态是理解我们自身的微生物群进化的关键。