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标题:【求助】关于细胞培养RT-PCR的几个简单问题

caihong[使用道具]
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【求助】关于细胞培养RT-PCR的几个简单问题


我是个新手,请教大家个问题。我想用RT-PCR法检测一种细胞因子,用25平方厘米的培养瓶来培养细胞,不知用来做RT-PCR量够不够。另外就是培养细胞时,是否要求每瓶的细胞数目要一致,密度一样,每次换液时所加的量一致阿?
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redbutterfly[使用道具]
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生长满25平方厘米(80%)足够了!

至于每瓶的细胞数目要一致,密度一样,每次换液时所加的量一致阿?
可以根据自己的需要,不是死的
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RT-PCR方法
(1)  细胞总RNA提取
A). 无RNA酶环境: 塑料制品、玻璃和金属物品的处理。
B ). 用常规方法收集细胞,按106 ~107个细胞加入1.0ml Trizol。用1ml针筒,26号针头抽吸匀浆液以剪切基因组DNA两次,然后用同一根针筒将样品转移至无菌1.5ml Eppendorf管中。
C). 加入200μl 氯仿/异戊醇(24:1)或氯仿,剧烈振荡30s.室温静置
15min。用台式离心机,1200rpm/min,室温离心5min。
D). 将上清液小心转移至无RNase-free 1.5ml 离心管中,加入上清液等体积的异丙醇(0.5ml异丙醇/1ml Trizol),室温下静置10min。 注意不要吸取任何中间层物质,否则会出现DNA污染。
E). 用台式离心机,1200rpm/min,室温离心5min,胶样沉淀物为RNA。
F). 小心移去上清液,防止沉淀丢失。用DEPC水处理70%酒精洗涤两次(在转涡振荡器上洗涤),每次700μl,1200rpm/min,室温离心2min.尽可能切底吸走上清, 防止丢失RNA沉淀。离心干燥3 min ~5min,或放至室温下将酒精空干.沉淀用30μl ~50μl DEPC-H2O 溶解.如发现沉淀很难溶解,55℃ ~65℃水浴10min。
G). 用分光光度计检测A260/A280,纯化的RNA比值应在1.9 ~2.0之间,若低于1.7,为蛋白污染所致,需进一步纯化RNA。

(2).甲醛变性电泳
A). 取一个50ml量筒在通风橱中加入下列组分:
10ml 甲醛
6ml 20×MOPS 缓冲液
用双蒸水加至30ml
将该溶液作上“4.4 mol/L 甲醛,2×MOPS”的标签并置于60℃水浴中进行水浴。
B ). 制胶 将0.9g琼脂糖倒入含30ml蒸馏水的烧瓶中,微波加热使琼脂糖溶解后再加入30ml “4.4 mol/L 甲醛,2×MOPS”溶液并混匀。在通风橱中向凝胶板中倒入足量的琼脂糖迅速灌胶。将胶放入槽中加入1×MOPS缓冲液。
C).电泳 用少于11μL溶液溶解10~30μgRNA或RNA标记物,加入Eppendorf管中并用无RNA酶的水加至11μl.向每个样品中加入29μl样品缓冲液(150μl 甲酰胺,15μl 20×凝胶缓冲液,50μl 甲醛,置于-70℃)。于60℃加热样品5min使RNA变性,加入5μl染液(1mmol/L EDTA, pH 8.0,0.25%溴酚兰,0.25%二甲苯菁,50%甘油)混匀,每孔上样15μl. ~40μl.持续电泳2h直到溴酚兰达到凝胶的底部。
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(3).  cDNA合成
20μl反转录体系中加入:RNA 1μl(2μg),随机六核苷酸引物[Oligo(dT)引物] 1μl (0.2μg),10×RT 缓冲液2μl,dNTP 2μl(10mmol),rRNasin 1μl(20U),MLV 1μl(200U),加DEPC水增至总量20μl,混合置37℃水浴60min,95℃加热5min使酶灭活,迅速置冰浴保存或进行PCR反应。

(4) . PCR扩增
A). PCR反应体系:10μl cDNA,1Taq U,5μl 10×PCR缓冲液,0.2μmol/L 5’和3’引物,最后加DEPC水至50μL,加入1滴矿质油。
B ). 扩增参数为: 95℃ 5min,94℃ 30s,55℃ 45s,72℃ 60s,总计35个循环;72℃ 300s延伸。

(5). PCR产物电泳分析
5μl PCR产物上样,1.5%琼脂糖凝胶电泳,凝胶成像并分析增片断。
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3648755[使用道具]
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我认为没有必要要求每一瓶细胞的数目、密度都一致,这也不太可能做到,通常在作RT-PCR的时候,都要选内参(如actin)做半定量,这样组与组之间还是有可比性的。
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caihong[使用道具]
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我认为没有必要要求每一瓶细胞的数目、密度都一致,这也不太可能做到,通常在作RT-PCR的时候,都要选内参(如actin)做半定量,这样组与组之间还是有可比性的。

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能否详细说明一下为什么不要求数目一致组与组还具有可比性??
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本人表达能力不强,姑且试着解释一下:

1、首先,RT-PCR定性检测,可以从转录水平回答在某种条件下,某物质是否表达,即有或无;而半定量检测,涉及到量的多少,这就可以回答在某种条件下,某物质表达是上调还是下调,显然后者使RT-PCR的应用范围大大扩展。
如果你的实验定性检测即可得到阳性结果,那就没有必要费事作定量,有和无本身就是最鲜明的对比,而且也不必考虑各组细胞数量不同造成的误差(这不用解释吧);假如不幸需要作定量(大多数情况是会用到的),那么简单的办法就是引入一个内参。

2、所谓内参,就是一个参照物,要把目标分子的表达和它作比较。自以为内参应有以下特性:在靶细胞内表达稳定,并要有相当的量(便于检测,减小误差);更重要的是内参的表达不受处理因素的影响。据我所知,目前用得最多的是beta-actin.

3、具体方法如liufaquan 兄所讲:提总RNA,纯化;加入随机引物,RT-PCR(此时目标分子与内参cDNA均已生成,差别在于不同组之间由于处理因素的不同,可能已导致靶分子转录的差异,而内参不受影响);PCR扩增,此时反应体系不仅要加待测分子的5’和3’引物,而且应把内参分子的5’和3’引物一同加入,共同扩增。

4、结果分析:琼脂糖电泳应看到待测分子和内参两条带,凝胶成像系统测各自的光密度值(我是外行,不知写的对不对),以待测分子和内参的光密度值的比作为待测分子的相对量,在把不同组的比值放在一起比较,得出结论。由于内参表达的多少仅受细胞数目的影响,因此可把它作为每组细胞数目的代表,这样上述比值可认为是每组细胞待测分子表达的量,除以各组的细胞数,从而求得一个“均值”。

我对分子生物学技术也是一知半解,姑妄言之,姑听之。
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楼上各位大哥好!
我想做反义核酸的转染,打算用6孔板做,但不知最后能否从6孔板中提取到足够的总RNA进行RTPCR?就是6孔板细胞数量不知够与否。否则,只好改用25ml培养瓶进行转染,再抽提总RNA,是吗?
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王蜜蜜[使用道具]
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我养的是HUVEC细胞,用六孔板每孔可以得到大约50微克RNA,进行RT-PCR足够了,但是我不知道进行转染是什么东东。
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nn255[使用道具]
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我养的是HUVEC细胞,用六孔板每孔可以得到大约50微克RNA,进行RT-PCR足够了,但是我不知道进行转染是什么东东。

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您好,请问您在六孔板中接种了多少细胞?最后从多少细胞里抽提出50ug的RNA?
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