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RT-PCR方法
(1) 细胞总RNA提取
A). 无RNA酶环境: 塑料制品、玻璃和金属物品的处理。
B ). 用常规方法收集细胞,按106 ~107个细胞加入1.0ml Trizol。用1ml针筒,26号针头抽吸匀浆液以剪切基因组DNA两次,然后用同一根针筒将样品转移至无菌1.5ml Eppendorf管中。
C). 加入200μl 氯仿/异戊醇(24:1)或氯仿,剧烈振荡30s.室温静置
15min。用台式离心机,1200rpm/min,室温离心5min。
D). 将上清液小心转移至无RNase-free 1.5ml 离心管中,加入上清液等体积的异丙醇(0.5ml异丙醇/1ml Trizol),室温下静置10min。 注意不要吸取任何中间层物质,否则会出现DNA污染。
E). 用台式离心机,1200rpm/min,室温离心5min,胶样沉淀物为RNA。
F). 小心移去上清液,防止沉淀丢失。用DEPC水处理70%酒精洗涤两次(在转涡振荡器上洗涤),每次700μl,1200rpm/min,室温离心2min.尽可能切底吸走上清, 防止丢失RNA沉淀。离心干燥3 min ~5min,或放至室温下将酒精空干.沉淀用30μl ~50μl DEPC-H2O 溶解.如发现沉淀很难溶解,55℃ ~65℃水浴10min。
G). 用分光光度计检测A260/A280,纯化的RNA比值应在1.9 ~2.0之间,若低于1.7,为蛋白污染所致,需进一步纯化RNA。
(2).甲醛变性电泳
A). 取一个50ml量筒在通风橱中加入下列组分:
10ml 甲醛
6ml 20×MOPS 缓冲液
用双蒸水加至30ml
将该溶液作上“4.4 mol/L 甲醛,2×MOPS”的标签并置于60℃水浴中进行水浴。
B ). 制胶 将0.9g琼脂糖倒入含30ml蒸馏水的烧瓶中,微波加热使琼脂糖溶解后再加入30ml “4.4 mol/L 甲醛,2×MOPS”溶液并混匀。在通风橱中向凝胶板中倒入足量的琼脂糖迅速灌胶。将胶放入槽中加入1×MOPS缓冲液。
C).电泳 用少于11μL溶液溶解10~30μgRNA或RNA标记物,加入Eppendorf管中并用无RNA酶的水加至11μl.向每个样品中加入29μl样品缓冲液(150μl 甲酰胺,15μl 20×凝胶缓冲液,50μl 甲醛,置于-70℃)。于60℃加热样品5min使RNA变性,加入5μl染液(1mmol/L EDTA, pH 8.0,0.25%溴酚兰,0.25%二甲苯菁,50%甘油)混匀,每孔上样15μl. ~40μl.持续电泳2h直到溴酚兰达到凝胶的底部。