生物实验技术

刘默芳*，王恩多
(中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，分子生物学国家重点实验室，上海200031)

摘　要：小分子调控RNA，包括siRNA (small interfering RNA)、miRNA (microRNA)和piRNA (piwi interacting RNA)、hsRNA (heterochromatin associated small RNA)等，是当前生命科学研究的前沿热点。越来越多的证据表明，这些小分子RNA 存在于几乎所有较高等的真核生物细胞中，对生物体具有非常重要的调控功能。它们通过各种序列特异性的RNA 基因沉默作用，包括RNA 干扰 (RNAi)、翻译抑制、异染色质形成等，调控诸如生长发育、应激反应、沉默转座子等各种各样的细胞进程。随着对这些小分子调控RNA 的发现，一些RNase III 酶家族成员、Argonaute 蛋白质家族成员及RNA 结合蛋白质等先后被鉴定为小RNA 的胞内蛋白质合作者，参与小RNA 的加工成熟和在细胞内行使功能。本综述简介一些RNA 沉默作用途径中重要组分的结构和功能的研究进展。
关键词：小分子调控RNA；RNA 基因沉默；Drosha；Dicer；Argonaute；Piwi；小RNA 结合蛋白
中图分类号：Q522;Q51　　文献标识码：A

生命科学 Chinese Bulletin of Life Sciences 第20 卷 第2 期 2008 年4 月

Small RNAs and proteins in RNA silencing pathways
LIU Mo-fang*, WANG En-duo
(State Key Laboratory of Molecular Biology, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China)
Abstract: Small regulatory RNAs, including siRNA (short interfering RNA), miRNA (microRNA), piRNA (piwi interacting RNA), and hsRNA (heterochromatin associated small RNA), have been the hot frontier of life sciences in the past few years, and it is becoming more and more apparent that these small molecules have key regulatory functions. Small RNAs trigger various forms of sequence specific gene silencing, commonly referred to as RNA silencing, such as RNA interference (RNAi), translational repression, and heterochromatin formation in all higher eukaryotes and play important roles in cellular processes as diverse as development, stress response, or transposon silencing. Soon after the discovery of small regulatory RNAs, members of the RNase III family and Argonaute protein family, some RNA binding proteins, and etc., were identified as their major cellular protein interactors and involved in the biogenesis and various cellular functions of small RNAs. This review summaries the understanding of the structures and functions of the important components in small RNA-induced gene-silencing pathways.
Key words: small regulatory RNA; RNA gene silencing; Drosha; Dicer; Argonaute; Piwi; small RNA binding protein

在真核生物中，小分子非编码RNA 引发一系列序列特异性的基因表达负调控作用，包括RNA干扰(RNAi)、翻译抑制和异染色质形成等，这一现象被称为RNA 基因沉默作用[1-3]。RNA 沉默作用的发挥离不开参与小RNA生成和作用的一系列蛋白质因子。在过去的几年中，通过对这些小RNA 相互作用蛋白质的结构和功能的研究，对小RNA生成和作用的分子机制、生物学功能等方面的研究都取得了诸多突破性的进展。

1　siRNA/miRNA作用途径中的蛋白质因子
siRNA和miRNA是最早被发现和认识的小分子调控RNA。它们有许多共同之处，如：大小都约为22 nt；都经过RNase III 家族酶加工成熟；都是在转录后水平负调控基因表达；作用途径共享多种蛋白质因子。两者主要的区别在于起源上： miRNA 是内源性的，从编码miRNA 的基因转录长链初始miRNA (pri-miRNA)，分别在核内和胞浆经两步加工形成；siRNA 则是从内源或外源的dsRNA 前体中生成，在胞浆内加工成熟，不需要Drosha 等细胞核内因子参与。此外，siRNA引发mRNA的降解，而动物miRNA 主要抑制mRNA 的翻译。

1.1　Drosha 及其辅助蛋白质　Drosha 负责pr imiRNA核内加工，属于RNase III 家族第II 亚家族中的一种酶，其特征是C- 端有2 个RIII 结构域和1个dsRNA 结合结构域(double strands RNA binding domain，dsRBD)，N- 端带有一长肽段[4]。人Drosha含有1 374 个氨基酸残基，N- 端有2 个可能参与蛋白质- 蛋白质相互作用的结构域，分别是脯氨酸富集区和丝氨酸- 精氨酸富集结构域，后者在参与RNA代谢和剪接的蛋白质因子中普遍存在[5,6]。除了加工pri-miRNA 外，人Drosha 与E.coli RNase III相似，也参与加工高级结构化的rRNA 前体[5]。