小中大有个问题还是不太明白：
“楼主所说的检测糖苷是怎么回事？定性还是定量？想只是普通的全扫描还是多级碎片？或者是未知化合物的结构解析？”
我觉得不论选择离子源还是分析器都和实验目的有很大的关系。
根据上面的情况，分析是对未知化合物中已知结构和性质的糖苷进行检出。如果是这样的话，应该是一个系统的过程：先进行一级全扫描，对检出目标质荷比的化合物进行选择离子扫描和二级碎片解析，若二级碎片就已经有比较明确的特征碎片存在（标准品试验、可信文献、关于裂解的一些小软件），则可以确定此化合物。若没有达到确证目的，则进行多级碎片分析，只至达到目的。
如果情况如上述：则常规质量分析器的考虑顺序如下：离子阱（10级）>线性离子（3-4级）>串联四极杆（2级）。但，其实离子阱的多级碎片一般也很难做到10级，首先，离子阱扫描范围并不是特别高，常见化合物一般情况到四五级都完全可以确证出来了。再次，从所周知，每多一级，信号就会衰减，当10级的时候，信号检出上可能已经出问题了。真正的10级可能也就是标准品高浓度，实际样品中的检出一般达不到。所以，如果只是进行常规已知结构等的检出，只需要找到其特征碎片，进行MS，SIM，MS2或MS3，甚至MRM，只要能确证出来就可以了。另外，有些厂商的仪器有相关扫描的方式，这方面就很有优势，可以设置为进行全扫描，当信号高于某个阈值时，同时进行二级碎片扫描，可以节省时间，提高工作效率。
如果分析样品是人工合成或天然分离的已经出较纯的化合物，想进行未知结构表征，建议质谱方面需进行高分辨确定分子量和分子式，再用离子阱进行逐步的解构确证，另外，还得结合红外、紫外、核磁等共同确证。
真对糖苷而言，质量分析器只是个检测器，能达到目的就可以了。相对而言，源的选择也不可乎视：糖苷的离子化效率还不错，但源内裂解很严重，糖苷键是最易裂解的地方（但检测时难度和问题不大，因为可以和原形药物分开，到时只需要确定出是那种结合糖的裂解），苷元母环上的羟基和侧链上的羟基往往也会裂解，而且几乎都是不可避免的，也很难鉴定，需特别注意。ESI源和APCI源基本上都有此情况。对于这些不可避免的问题，建议在离子化充分的前提下尽量适当的减小源电压和源内温度，尽量减小裂解程度，至于具体选择源还是以实验结果为准。实在不行可以尝试APPI和CPPI。
我们以前对多个糖苷进行过同时定量，也对其个别进行过代谢物的鉴定，难度很大，基本上使用的是串联四极杆和线性离子阱，ESI源，正负离子切换。
对于编辑的提问，我个人认为两种结论都可以，但要说明充分的理由。
