小中大iTRAQ差异蛋白的选择标准有很多，根据我们的经验和对文献的整理，可以把相关问题细分如下：
1，可靠蛋白的选择标准：首先须判断你选择哪些蛋白来进行差异分析，涉及的标准按照严格程度不同，大致有四种，分别是蛋白95%可靠性，蛋白99%可靠性，蛋白有一条及以上95%以上可靠性的肽段、蛋白有2条及以上95%以上可靠性的肽段。
2，在以上基础之上，同时结合是否有重复数据，进行差异蛋白的选择，主要的标准有以下几类，变化倍数正负1.2倍以上，变化倍数正负1.5倍以上（比较常用），变化倍数正负2倍以上，T测验显著差异（p小于0.05）、T测验极显著差异（p小于0.01）、T测验显著差异（p小于0.05）且变化倍数1.5倍以上
3，以上只是列出并归纳了部分标准，有些文献可能还会采用其它标准，但基本上都是这些类别的衍生，
4，我专门找了两篇有代表性的iTRAQ论文（近两年在MCP杂志上发表的，应该具有一定说服力），你们可以在ppt中看看，也可以自己去下载了解，是免费的，
