小中大非常不赞同楼上的意见。
首先，用重组蛋白作为抗原，有很多不可替代的优点：包含的表位多，得到的抗体可以识别各种形式的靶蛋白，比如特殊糖基化、磷酸化、乙酰化、isoform，剪切体等，但是多肽制备的抗体很多时候应用受到局限。 其次，以目前的技术来看，大家还不能非常非常精确地预知最佳表位，免疫一个融合蛋白，可以让动物机体自身去反正，针对有一些特定的表位产生出来抗体可能会表现出很高的亲和力，这是多肽抗原不能比拟的。 最后，相对于多肽来说，用融合蛋白做的抗体可能会对其它不相关的蛋白质存在更大可能性的交叉反应，但是其理论信噪比是比多肽制备的抗体高一些的，理解起来可能有点废力，建议先看看这篇综述：Monoclonal Versus Polyclonal Antibodies: Distinguishing Characteristics, Applications, and Information Resources ， 参考作者说多抗特异性比单抗强的那一段。 还有疑问请跟帖。
当然也有极端情况是融合蛋白没法完成的，比如说同一家族蛋白有很多相似区段，这时候只能用多肽去区分，另外，实在得不到融合蛋白时也必须用多肽，三鹰大约有10%的抗体就因为这两种原因而采用多肽。
CST和Epitomics不是所有的抗体都用多肽做的，个人觉得他们的质量关键在于质检把关，跟抗原选择关系不是那么大。想想Dako的抗体几乎都是拿天然蛋白作免疫原的呢。。。。
