【讨论帖】两分钟Step by step 学习凝胶分析软件

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标题:【讨论帖】两分钟Step by step 学习凝胶分析软件

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发表于 2013-5-8 12:53 资料个人空间短消息加为好友

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按：现在有很多常用的分子生物学软件，但对于初学者，尤其是不太擅长计算机者，使用起来有相当难度。琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了，这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。这个想法在心里很久了，但是一直没有时间付诸实践，的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程，奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。

BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。

1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在网上找到（请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe）。安装以后加个补丁（如果找不到补丁可以email我zhuzhang@sohu.com，这有4.3、4.5和5.0的补丁，请尽量自己先找一下）。

2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。双击打开。

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2013-5-8 12:53

73551266.jpg (58.29 KB)

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发表于 2013-5-8 12:54 资料个人空间短消息加为好友

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3.打开后的界面如图。

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2013-5-8 12:54

21025046.jpg (28.66 KB)

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发表于 2013-5-8 12:54 资料个人空间短消息加为好友

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3.打开后的界面如图。

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2013-5-8 12:54

52510218.snap.jpg (48.66 KB)

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发表于 2013-5-8 12:55 资料个人空间短消息加为好友

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5.打开。这时候凝胶图像显示出来。1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（select rectangle）。

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2013-5-8 12:55

85727383.snap.jpg (37.64 KB)

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发表于 2013-5-8 12:55 资料个人空间短消息加为好友

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6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角，松开鼠标，划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时，命令框内均变成黑色的（可以操作）。上面那个undo rect可以取消选框，下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动，直接单击accept selected region。

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2013-5-8 12:55

37929693.snap.jpg (36.78 KB)