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标题:【专题讨论贴】蛋白质组学研究工作该如何深入？

seven7[使用道具]
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发表于 2013-5-11 16:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【专题讨论贴】蛋白质组学研究工作该如何深入？


蛋白质组学发展到今天，单凭双向电泳和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。 因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈谈自己的高见。一个人的意见很可能会给其他群友重要的启示，毕竟这对我们来说是一个太重要的问题。
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zhenxin[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相关疾病：
肿瘤
2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。
如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5'UTR和3'UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。
反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。
总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。
个人愚见，水平有限。
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发表于 2013-5-11 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教各位高手，从蛋白质组反推到基因组，现在一般采用什么技术和方法，请多多赐教啊
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发表于 2013-5-11 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我博士准备做蛋白组，学校要求发SCI2.0毕业，不知道，做现在做2-DE能否发2.0的文章了？所以想请教大家蛋白组做到什么样程度才能发高档次文章
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any333[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
作DIGE发2.0应该没什么问题。觉得好像上个质谱就能弄个proteomics.作蛋白质组很幸运了，如果你做分子生物学，细胞生物学，拼死拼活累3年下来，工作做了不少，要拿到能发生文章的有用数据很难。我想起以前我老板说的话，说干分子生物学的与做2-D上质谱这种相比，想说一句话太难了。
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发表于 2013-5-11 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 any333 于 2013-5-11 17:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
作DIGE发2.0应该没什么问题。觉得好像上个质谱就能弄个proteomics.作蛋白质组很幸运了，如果你做分子生物学，细胞生物学，拼死拼活累3年下来，工作做了不少，要拿到能发生文章的有用数据很难。我想起以前我老板说的话，说干分子 ...


您的话给了我很大启发，这里我有一个问题，用质谱的方法得到了蛋白的序列后一定可以找到编码这个蛋白的基因序列吗，或者mRNA序列。如果能有基因的序列，那么把工作引入分子水平不是难事。另外，如果基因组和蛋白组一起做的话，很有可能会出现蛋白的表达量与mRNA不一致的现象，我曾经见过这样的文章。我想这应该是正常现象吧，就是传说中的转录后调控，一位作者在他MCP的文章中也是这样说的。
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发表于 2013-5-11 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

其实这个问题很早就存在了，但是对于2DE技术加上非常好的染色方法和样品处理过程，相信会有很好的结果的。这一点就需要研究设计时一定要严谨和完善。不过这个方法本身也存在缺限，这个没有办法的。相信会随着技术发展有所进步的！
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wmp1234[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

做完了银染2-D, 做了分析后，找出了差异点，也做了质谱鉴定。现在应该是要做western验证2-D 的结果吧？但是有人说买抗体很贵，应该先用rt-PCR看看是不是真的有差异，然后再买抗体，也就是说2-D结果不一定准确。不知道是不是该这样呢？万一是由于mRNA和蛋白水平表达不同而造成rt-pcr与2-d结果不符？
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remenb[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

good discussion, Thanks a lot!!
Here is my point of view, proteomics per se is just a method, that's it, and to be honest, it is not that mature at all, so that's why proteomics itself becomes a hot area for research. Biological validation of your proteomics data like RT-PCR, western, or even genomics surely is important for the discovery of the underlying biological mechanism, but don't forget proteomics is not just 2DE/2DLC coupled with MS identification, it can go much far beyond that. Proteomics for PTM, interactomics, proteomics target on specific organelle or protein complex, membrane proteomics, even topology for single protein, they all add more information for unveiling the biological mechanisms.....so my point is, if you want to do something 'deep' base on proteomics, you can
1 use conventional methods to validate your hypotheses derived from you proteomics data or
2 use new or more 'targeted' proteomics techniques to investigate the proteome further
3, if you are an engineer, develop a new proteomics workflow for a specific type of biological question/sample
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66小飞侠[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

I agree with remenb，many people think proteomcis is just 2-DE+MS/MS, which may explain why we are discussing the question here. protein as the major function executor in a cell, It is the most important step to explain how gene regulate or determine phenotype.
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