蛋白质与蛋白组学

我发的图片是普通WB的结果。IP完后跑WB也有类似的结果但是整个膜的背景很深，很不好看。
我只用了WT和-/-老鼠的该蛋白做质谱，即使是wt质谱给出的结果也只有极少量的该蛋白的存在，打出来的绝大多数是其他无关蛋白，-/-都没有该蛋白存在的数据。
这个抗体是某个famous的lab做出来的多克隆抗体，用于免疫荧光和WB都有非常好的效果，comercial的抗体从来就无法用WB做出该蛋白。我目前的疑问就是，这个抗体能识别这个蛋白在正常和病变老鼠的表达，且蛋白表达在形态上存在明显差异（这也是做出来以后无意中发现的 ），从WB的结果看只能是-/-的蛋白被修饰了，我想要解释这种修饰的根本原因。这个抗体能识别这2种不同修饰的同一蛋白说明修饰的部位应该不是蛋白与抗体结合的特异部位。我也不能肯定的说这就是磷酸化，因为我目前除了能做出这个去磷酸化的结果，尚没有其它证据能证明病态磷酸化的存在。
至于是否是该蛋白在-/-组全部被磷酸化了还是部分，我目前的兴趣还不在此，但无论如何，毫无疑问的是wt和-/-老鼠在行为表型上也出现了极大的差异，我考虑是和这种修饰脱不了关系。

行为表型上的差异是否与修饰有关这个问题言之尚早，因为你还不能证明该蛋白确实存在某种修饰。

从你的表述里面看的出你已经默认了两点：1，-/-那条大点的条带就是目的蛋白修饰的结果； 2，该抗体确实可以识别这两种形态。 但你这种观念其实是非常不妥的。你需要先证明之。然后才能进行下文。欲速则不达，这是真理。“你说你不关心是否全部磷酸化的问题”，但实际上这不是你关心不关心的问题，这是你不得不解释的科学问题（小问题往往会出大差错）。

既然你发的图都是WB结果，那么我就高度怀疑你的抗体特异性。不要盲目轻信公司/lab说的抗体如何如何NB，很多知名公司的抗体都没有他们说的那么神。很多公司给出的证据完全没有说服力，这种情形我见多了。由于我没看到证据，所以也无法推测该抗体特异性如何（这就看你自己的眼光了）。你说-/- IP的质谱结果很杂，但目的蛋白却没有一点影子，wt也仅仅有很少，这不得不令人怀疑你的抗体有问题。假如我说你的抗体识别的条带不是目的蛋白，你如何解释？
另外，质谱结果里面虽然蛋白很杂，但是该结果里面含量最高的两种蛋白是什么？

当然了，你这个实验发现确实很有意思，也很有潜力，做好了，发到十分以上的期刊上还是很有戏的。但是工作量会很大。
这里，我先建议你做如下几个实验：
1，把后两个磷酸化的IP结果也拿去做质谱，尤其是第四个条带（Pho-/-），这个结果很重要。
2，把WB结果直接拿去做质谱分析（最好四个都做）。这个结果也可以从侧面验证你的抗体特异性。
3，去NCBI 把这个蛋白的序列调出来，软件分析下潜在的磷酸化位点，自己做个突变载体，深入研究（这个周期有点长，不是一年半载能搞定的，但是对高IF期刊来说很必要）。