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标题:【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？

veiwu[使用道具]
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发表于 2013-6-1 16:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？

这是一个我思考了很长一段时间的问题。我现在也就是一个老菜鸟，什么都知道一点，但是了解得都不深。按照我现在的理解，蛋白质组学研究最重要的意义，就是可以看出不同状态下细胞蛋白质组的变化。比如在正常生理条件下跟存在压力的条件下相比较，或者是正常细胞跟病变细胞相比较，或者是同一种细胞在不同的生长发育阶段相比较等等。其实说真的，在我心里这甚至是蛋白质组研究的唯一意义，因为我实在想不出它还有其他的什么意义。现在的情况是，如果运气好发现在不同状态下细胞的蛋白质组的确有明显变化，表现为2D上面某些点的有无或是量变，那么如果要进一步研究的话还是要一个一个地去做蛋白功能。我想讨论的是，蛋白质组学研究是不是想我想象的那样，只是能够为研究者缩小备选蛋白的范围，从而为选择到底应该去研究哪些蛋白提供一个方便。
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98776langtao[使用道具]
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发表于 2013-6-1 16:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

同意楼上，蛋白组学本身就是一个不确定，可靠度不强，简单说，就是没办法让人信服的方法。比如用一些蛋白片断匹配样品来鉴定，并且仅仅匹配到这些片段百分之几，而不是匹配整个蛋白，这样的鉴定可靠性的多少不说大家也知道。或用等电点和分子量来参考，去看匹配高的蛋白的功能同样可信度也让人怀疑，或用软件去分析图表，难怪以前有人说这是在自圆其说，实在是让人无奈。
所以蛋白组学现在并不能具体很好的解决问题，但是每一种方法都有其发展的过程，pcr从最开始在不同温度间拿来拿去到现在加完样往仪器里一放也是要有发展的过程的，所以我觉得不应全盘否定一个方法，她也一定有它的优越之处，这也在于我们后来人的发现与探索，方法本身的问题其实也正是我们的问题，我们为什么不去努力修正完善呢
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发表于 2013-6-1 16:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路最好的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。蛋白质组学研究不仅是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。 这个或许是它的一个重要意义!
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发表于 2013-6-1 16:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

蛋白质组学的优缺点并存，一方面，投入大，回报微；从事2D感觉自己是一个不折不扣的labor, 筛选过程婉如大海捞针。另一方面，目前以至未来相当一段时间内，这一手段还将在蛋白质的研究与鉴定上占主导地位；采用质谱方法从PMF到序列的测定是值得信赖并且快速可靠的鉴定手段。
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mimili_901[使用道具]
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发表于 2013-6-1 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
刚进入这个领域，发表点陋见。
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。其意义大致是说，可以help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs . 由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标,。另一种策略可称为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。意义在于of potential importance as diagnostic and therapeutic biomarkers and help to identify the proteins associatted with the development..
这两种策略同时存在难溶的膜蛋白及低丰度蛋白等不能被检测到，虽然现在分离的技术有所改善。但是，我想有些可能真正有意义的蛋白是不可能被检测到的。
同时，鉴定技术也存在很大的挑战。short-gun，一条带鉴定出几十个蛋白，每个都有那么可信吗？值得怀疑。虽然有很多的算法与理论支撑着。

不过，前面有人说过，每一种方法都有其发展的过程。通过蛋白质组发现一些
potential的东西，再通过其他的实验手段来检测或更深入的了解，或者通过蛋白质组的方法来验证在实验中发现的有意义的蛋白，我想，还是可取的。
还在深入了解学习中。
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发表于 2013-6-1 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

首先我们必须要回答"蛋白质组学研究到底有多大意义？"这个问题,我认为肯定有它的意义,这也许只是一个开始,所以碰到问题是理所当然的,对生物的研究犹如上个世纪对化学的研究一样,百花齐放.这是需要各项技术的创新性和跨世纪性的突破,这都依靠我们现在的科技工作者.既然只是一个开始,我们咎由自取更多的机会,有了更多的机会我们才有更多成功的机会.
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veiwu[使用道具]
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发表于 2013-6-1 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 NBA 于 2013-6-1 16:30 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为 ...

你说的这个很有道理，不过从本质上来说还是差异表达，有表达差异的蛋白就是潜在的诊断marker或者药靶。你贴的文章我也看了，其中就提到一点，蛋白质组学是要研究细胞在某一个状态下的所有蛋白。具体的就是做两方面的研究，一是做所有蛋白的表达模式，差不多就是现在n多人在做的2D；而是做所有蛋白的功能研究。表达模式的研究可以通过2D等方法实现高通量筛选感兴趣的蛋白，可是功能研究好像很难实现高通量吧，只能一个一个地去做。我也知道现在蛋白质组学的研究是在刚刚起步的阶段，我最想知道的就是，当前阶段的蛋白质组学研究除了用差异表达来筛选靶点之外还有没有其他的什么意义。
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发表于 2013-6-1 16:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 mimili_901 于 2013-6-1 16:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
刚进入这个领域，发表点陋见。
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学 ...

不好意思，你说的第一种策略我没看懂，能不能再详细说说。我主要是没看出来你说地这两种策略有什么区别，难道你说的第一种是不需要进行差异表达对比就可以“help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs“的吗？
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any333[使用道具]
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发表于 2013-6-1 17:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我看啊 这几年会有新技术出来
目前基本是测序鉴定技术
看谁钱多 有猛仪器
就可以发什么改进的文章 嘿嘿
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ero11[使用道具]
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 小中大

要是样本与正常对照间差异表达点太多（数十个），都作质谱分析的话是很烧钱而且不一定有回报的活动，这就是目前2D下游工作的最大困惑
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