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一级质谱就是说把蛋白酶解后的肽段直接进行质谱测试，测定肽段的精确分子量，根据该蛋白所有酶解肽段的精确分子量（也称为肽指纹图谱、PMF）和数据库中所有蛋白的理论肽指纹图谱进行比较，进行相似性评价，从而实现蛋白鉴定。
串联质谱就是在一级质谱的基础上（也是先获得肽指纹图谱），选择该蛋白的某些肽段（一般是8-12个）再分别用惰性气体打成碎片，并再次采用质谱测定这些碎片的精确分子质量（第二次的质谱称为二级质谱，不过有些时候二级质谱也和串联质谱混着用），根据碎片的分子量和数据库中所有蛋白的酶解肽段的理论碎片分子量进行比较，进行相似性评价，从而实现蛋白鉴定，这就是串联质谱鉴定，串联质谱鉴定可以获得匹配的肽段的序列、准确度比PMF高很多。
另外，二级质谱获得的某一个肽段破碎后的碎片的精确分子量还可以直接用于计算其序列（根据氨基酸残基的精确分子量差异），而不用进行数据库比较，这也称之为denovo质谱测序，不过后面的计算也是非常麻烦的，没有数据库比对那么简单。不知道我说清楚没，
