蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】itraq

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 13  1/2 12››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【求助】itraq

mod=8048[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 73531
精华 0
积分 307
帖子 294
信誉分 100
可用分 2306
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-24
状态 离线
1

发表于 2013-6-19 12:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】itraq


大家好，向大家咨询一个问题，itraq的结果，在Mascot搜库的时候，iTRAQ4plex (K), iTRAQ4plex (N-term) 这两项是放在fixed modifications 还是放在Variable modifications 里面呢，我看见绝大多数文章都是放在fixed modifications 里面，但是也有极少数是放在Variable modifications 里面，我的结果如果将iTRAQ4plex (K), iTRAQ4plex (N-term) 作为fixed modifications, 连一个标记的肽段都搜不出来，但是如果作为Variable modifications 的话，搜出来的几乎全是带上修饰的。而且肽段Expect值均小于0.05，且得分较高。感到非常非常困惑啊！请各位高人指点！不甚感激！
顶部
u76mp[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 107971
精华 3
积分 336
帖子 259
信誉分 106
可用分 2121
专家分 30
阅读权限 255
注册 2013-4-27
状态 离线
2

发表于 2013-6-19 12:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我也同样困惑！结果好像是反的。问问matrix公司的人吧。
顶部
hustwb[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76894
精华 0
积分 463
帖子 524
信誉分 101
可用分 3523
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-10
状态 离线
3

发表于 2013-6-19 12:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

应该是放在 fixed modifications里的

如果勾选了quantitation，那么fixed modifications里除了Cys烷基化修饰，其他修饰都不要选。
Variable modifications一般只选Oxidation（M）就行了
顶部
any333[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 76446
精华 1
积分 1533
帖子 2542
信誉分 102
可用分 13711
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-5
状态 离线
4

发表于 2013-6-19 12:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你好！ 我最近也在做 能否交流下呢 想问问你搜MASCOT的全部条件是什么呢？ 交流下？ 另外 想知道 得到结果后应该如何分析呢？
顶部
any333[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 76446
精华 1
积分 1533
帖子 2542
信誉分 102
可用分 13711
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-5
状态 离线
5

发表于 2013-6-19 12:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相关疾病：
阿尔茨海默病
bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/node-opened.gif', '%s')Search parameters
Type of search        :        MS/MS Ion Search
Quantitation        :        bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')iTRAQ 4plex (Applied Biosystems iTRAQ(TM) 4-plex)
Enzyme        :        Trypsin
Fixed modifications        :        bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')Carbamidomethyl (C), bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')iTRAQ4plex (N-term), bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')iTRAQ4plex (K)
Variable modifications        :        bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')Oxidation (M), bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')Phospho (ST), bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')Phospho (Y), bbcodeurl('file:///E:/%E8%AF%BE%E9%A2%98/%E8%82%9D/%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/12.9/50%_files/external_arrow.png', '%s')iTRAQ4plex (Y)
Mass values        :        Monoisotopic
Protein mass        :        Unrestricted
Peptide mass tolerance        :        ± 0.6 Da
Fragment mass tolerance        :        ± 0.3 Da
Max missed cleavages        :        1
Instrument type        :        ESI-QUAD-TOF
Number of queries        :        385
顶部
ii077345[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108893
精华 0
积分 247
帖子 193
信誉分 100
可用分 1734
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
6

发表于 2013-6-19 12:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相关疾病：
阿尔茨海默病
这是我的搜索条件
Search parameters
Type of search : MS/MS Ion Search
Quantitation : iTRAQ 4plex (Applied Biosystems iTRAQ(TM) 4-plex)
Enzyme : Trypsin
Fixed modifications : Carbamidomethyl (C), iTRAQ4plex (N-term), iTRAQ4plex (K)
Variable modifications : Oxidation (M), Phospho (ST), Phospho (Y), iTRAQ4plex (Y)
Mass values : Monoisotopic
Protein mass : Unrestricted
Peptide mass tolerance : ± 0.6 Da
Fragment mass tolerance : ± 0.3 Da
Max missed cleavages : 1
Instrument type : ESI-QUAD-TOF
Number of queries : 354
顶部
kuohao17[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77299
精华 0
积分 559
帖子 716
信誉分 101
可用分 4453
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-15
状态 离线
7

发表于 2013-6-19 12:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我们想用census软件来分析itraq数据 那个软件需要三个文件 MS1/MS2 mzXML DTASelect（或者pepXML）

我不知道MS1/MS2和DTASelect（或者pepXML）分别是对应的MALDI生成的哪个文件？请大家赐教
顶部
cocacola[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77403
精华 0
积分 534
帖子 747
信誉分 100
可用分 4576
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-16
状态 离线
8

发表于 2013-6-19 12:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我们想用census软件来分析itraq数据 那个软件需要三个文件 MS1/MS2 mzXML DTASelect（或者pepXML）
我不知道MS1/MS2和DTASelect（或者pepXML）分别是对应的MALDI生成的哪个文件？请大家赐教

=============================================================

Census 好像只能用于LTQ-Orbitrap数据的处理吧。
顶部
cocacola[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77403
精华 0
积分 534
帖子 747
信誉分 100
可用分 4576
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-16
状态 离线
9

发表于 2013-6-19 12:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好，向大家咨询一个问题，itraq的结果，在Mascot搜库的时候，iTRAQ4plex (K), iTRAQ4plex (N-term) 这两项是放在fixed modifications 还是放在Variable modifications 里面呢，我看见绝大多数文章都是放在fixed modifications 里面，但是也有极少数是放在Variable modifications 里面，我的结果如果将iTRAQ4plex (K), iTRAQ4plex (N-term) 作为fixed modifications, 连一个标记的肽段都搜不出来，但是如果作为Variable modifications 的话，搜出来的几乎全是带上修饰的。而且肽段Expect值均小于0.05，且得分较高。感到非常非常困惑啊！请各位高人指点！不甚感激！

===========================================================================================================

iTRAQ标记的效率还是很高的，所以一般把它列为Fixed Modification。你换成可变修饰后，搜出来的几乎都是带修饰的，是N段和Lysine都带的，还是只是某一个带的？
顶部
gemei0115[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76303
精华 0
积分 530
帖子 658
信誉分 101
可用分 4191
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-3
状态 离线
10

发表于 2013-6-19 12:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好 想请教下 在MASCOT 的搜索结果里 每个蛋白匹配的肽段有个116/115（或其他）的比值，而这个蛋白也有一个相应的比值 但是蛋白的比值和各肽段的比值的联系是什么呢？ 好像不是平均值 另外有些肽段有比值 但是蛋白没有比值是怎么回事呢？ 谢谢
顶部
 13  1/2 12››