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标题:【求助】请教明胶酶谱的条带?

yes4[使用道具]
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【求助】请教明胶酶谱的条带?


小弟前天用明胶酶谱法测了MMP2的活性,但跑出来条带不是在深蓝色背景上的无色清晰酶谱条带,而是不知为什么啊?,我把主要步骤写在上面,请大家帮忙找出问题所在,谢谢!
1. 以无血清DMEM培养CMC细胞(帖壁生长),在相应时间点取培养上清离心后去除细胞,置于-20度冰箱备用。
2、明胶酶谱法检测MMPs的表达及活性
(1)明胶溶液配制 称取明胶,加入三蒸水,然后置于65°C水浴,在10min之内溶成均匀的液体,最后定容至终浓度1mg/ml,于4°C备用。
(2)SDS-PAGE胶的灌制 灌制10%SDS-PAGE胶,其中加入1mg/ml的明胶溶液,使明胶终浓度为0.1mg/ml。
(3)电泳 上清与4×上样缓冲液以3:1混匀,加入10%分离胶,80mA电泳1.5-2小时,至溴酚兰达到末端。
4×上样缓冲液: Tris-HCl(PH6.8) 0.4M
SDS 5%
Glycerol 20%
Bromophenol blue 0.03%
(4)2.5%Triton X-100清洗 胶置于100ml洗脱液中,摇床震荡80分钟,以洗脱SDS,使蛋白质复性,每20分钟更新一次洗脱液。
洗脱缓冲液: Tris-HCl [pH 7.5] 50mM
CaCl2 5mM
ZnCl2 1μM
Triton X-100 2.5% (v/v)
(5)孵育 胶置于100ml孵育缓冲液中,于37°C水浴缓慢震荡孵育34小时。
孵育缓冲液: Tris-HCl(pH7.5) 50mM
NaCl 0.2M
CaCl2 5mM
ZnCl2 1μM
Brij-35 0.02%
Sodium azide 0.2mM
(6)染色 将充分孵育后的胶以双蒸水漂洗2分钟,然后置于0.25%的考马斯亮蓝R250染液中,放在平缓摇动的摇床上于室温染色2.5小时。
考染液: Methanol 45%
Acetic acid 10%
Coomassie R blue 0.25%
(7)脱色 将染色后的胶置于脱色液中,放在平缓摇动的摇床上于室温脱色,每30分钟更新一次脱色液.
但最后的结果如图所示,郁闷加不解,是不是因为考染的时间过长?有的文献说染30分钟就可以了。
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2013-7-24 17:33
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一、制胶
制备SDS聚丙烯酰胺凝胶,含0.1%明胶的8%分离胶,5%堆积胶
1 选择两块玻璃板(注意厚度1.0mm or 0.75mm)仔细夹好,装在支架上,并固定好。
2 配制separating gel (10ml,两块)
明胶溶液(0.1g/66ml) 6.6ml
40% Acrylamide 2ml
3M Tris-HCl (PH 8.8) 1.25ml
10% SDS 0.1ml
10% APS 75ul
TEMED 10ul
混匀后,倒入两块板中,上压1ml dd-water,静置30min~1hr(天气热时胶凝固快,冷时慢),待肉眼可见胶与水之间有水平线存在时,将水倒出,准备灌制stacking gel。
3 配制stacking gel (5ml,两块)
dd-water 4.1ml
40% Acrylamide 0.47ml
2M Tris-HCl (PH 6.8) 0.31ml
10% SDS 0.05ml
10% APS 75ul
TEMED 10ul
充分混匀后,倒入板内,插上梳子(注意:防止梳子与胶之间残留气泡),静置30min或更长。
样本与RIPA及5*LB混匀后,准备上样。(注意:无需95℃煮5~6min变性)。
三、电泳Running buffer
条件:室温80v;时间约2~2.5hr。
四、洗脱
电泳结束后,凝胶置于洗脱液中洗脱2次,每次45min。
五、漂洗
漂洗液漂洗2次,每次30min。
六、孵育
凝胶置于孵育液中37℃孵育18h。
七、染色
孵育结束后经考马斯亮蓝染色液染色3hr。可显示出MMP-2和MMP-9位于蓝色背景上的透亮带。
八、脱色
脱色液A(15-20min)、B(15-10min)、C(5-10min)
A液 B液 C液
甲醇 60ml(30%) 40 ml(20%) 20ml(10%)
乙酸 20ml(10%) 20 ml(10%) 10ml(5%)
去离子水 120ml 140ml 170ml
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应用复日FR-980生物电泳图象分析系统在灰阶模式下扫描电泳凝胶,并分析MMPs活性条带灰度密度值。
配液
(1)  匀浆缓冲液(RIPA) pH 7.0
Tris-HCl 工作浓度1mol/L
NaCl 0.5mol/L
(2)  样本缓冲液(5*LB, 100ml) pH 8.0
Tris 4.86g(0.4M)
SDS 5.0g (5%)
甘油 20ml(20%)
Bromophenol blue 30mg(0.03%)
(3)  洗脱液 1L pH7.6
Triton X-100 25ml (2.5%)
Tris-HCl 6.06g (50mmol/L)
CaCl2 0.56g (5mmol/L)
ZnCl2 0.136g(1μmol/L)[应用浓度为10nmol/L的ZnCl2贮存液,加100ul]
(4)  漂洗液 1L pH7.6
Tris-HCl 6.06g (50mmol/L)
CaCl2 0.56g (5mmol/L)
ZnCl2 0.136mg(1μmol/L)
(5)  孵育液 1L pH7.6
Tris-HCl 6.06g (50mmol/L)
CaCl2 0.56g (5mmol/L)
ZnCl2 0.136mg(1μmol/L)
Brij-35 0.2g(0.02%)
  考马斯亮蓝染色液(200ml)

考马斯亮蓝R-250 0.1g
甲醇 60ml
乙酸 20ml
加去离子水 至 200ml
(7)  脱色液A、B、C
A液 B液 C液
甲醇 60ml(30%) 40 ml(20%) 20ml(10%)
乙酸 20ml(10%) 20 ml(10%) 10ml(5%)
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上面是我们所用的方法,拿出来给你参考下.
你的图感觉是普通蛋白电泳后考马染色图,我也说不好你结果的原因,但应该不是考马的关系,我们也是这么长时间的染色的。
染色的条带该是蛋白条带吧,是否蛋白已没有活性了?正常情况应该是兰色背景上的透明条带,而不是深色条带!
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我觉得你的明胶有问题。步骤没什么问题,主要就是蓝色本底太浅了,不太对劲。

建议明胶要用进口的粉末状态的为好,孵育液中叠氮化钠加不加问题不大。不过建议孵育时间最好延长一些,并且取鼠肾匀浆最为阳性对照。

2-ME,EDTA等抑制mmp的东西绝对不可以添加,整个过程要温和,尽量低温操作,包括跑胶。PMSF作为蛋白酶抑制剂是唯一可以使用的,并且加入后效果会很好。
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还有一点忘说了,我听了一个师姐建议,把我的样品和上样缓冲液混合后放在37度水浴了20分钟,这对会不会使酶活性失活而导致最后的条带像蛋白条带呢?
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QUOTE:
原帖由 yes4 于 2013-7-24 17:36 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

还有一点忘说了,我听了一个师姐建议,把我的样品和上样缓冲液混合后放在37度水浴了20分钟,这对会不会使酶活性失活而导致最后的条带像蛋白条带呢? ...


不知道你这样操作处于什么目的,因为检测蛋白活性,所以应尽量避免蛋白变性,我们一般都要求冰上操作,电泳也放在冰水里进行的。
我作过HSC培养上清的酶谱,收集后离心后直接使用的,没有浓缩,活性很强的,我贴的图即是细胞培养上清的结果.
你再重复一下吧,祝你好运·!
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再请问下几位战友,我那块胶左边marker从下往上数第2,3条带分子量分别为66,45KD,在这个位置出现条带是不是大概为64KD呢?我用上清变性后做WB后结果也是在差不多这个位置检测到的,那它酶活性是不是也应该在这个位置出现负染带呢?而我看见文献做和我一样的细胞上清实在72KD处检测到的,而我这个在72KD处什么都没见到,这是为什么呢?而看其他战友还有在92KD处出现负染带的,我就搞不懂了,这是怎么回事啊?请赐教
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原因是这样,明胶酶谱的蛋白样品是不完全变性的,因为并没有煮沸的过程,所以可能由于变性不充分的原因导致其分子量部位不同。还有可能就是不同来源样品蛋白的mmp分子量本来就有微小区别,要么就是由于明胶的质量原因导致的。总之明胶酶谱的分子量参照差不多就可以了,不可能太准。
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请教一下上清浓缩了没有,怎样浓缩的?如何定量,DMEM是否对定量有影响?
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