【求助】如何计算蛋白分子量

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标题:【求助】如何计算蛋白分子量

大海啊故乡[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:34 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我的目的片段130bp，看类似文献我的蛋白大约4-5kd，但具体多大怎么算的，还不是很清楚，我听说可以用软件算，但身边也没人用过，所以恳请大家帮帮忙，给解答一下；多谢了！！

xiaoxiaoniao[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:35 资料个人空间短消息加为好友

小中大

什么软件啊，直接算不行吗？130bp/3*120=5200

yes4[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:36 资料个人空间短消息加为好友

小中大

太多计算的软件了，不过网站也可以的，如EXPASY。
我记得平均氨基酸的的分子量为110Da

abc816[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:36 资料个人空间短消息加为好友

小中大

你翻译出来氨基酸序列
可以在网页中计算比如说
cuturl('http://www.proteomics.com.cn/tools/mwcal/')
也可以下载软件计算比如说
cuturl('http://www.newasp.net/soft/softdown.asp?softid=13837')

大海啊故乡[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:36 资料个人空间短消息加为好友

小中大

先谢过楼上诸位：
软件算的是挺方便，不过结果可靠吗？大家都是这样算的吗--先翻译成氨基酸序列，然后提交给计算机直接读数？
我听说还得加上我的标签大小，但我的载体上才有标签，目的基因上没加，怎么办？大家有人听过这种算法吗？

nut6694[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:37 资料个人空间短消息加为好友

小中大

你的标签是什么啊，把它的分子量加上不就行了吗

junhun[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:37 资料个人空间短消息加为好友

小中大

按10AA约为1KD来粗算

分子式[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:38 资料个人空间短消息加为好友

小中大

130*3/110就是你要的蛋白分子量吧！

tianmei001[使用道具]
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发表于 2013-7-31 10:38 资料个人空间短消息加为好友

小中大

先谢过楼上诸位：
软件算的是挺方便，不过结果可靠吗？大家都是这样算的吗--先翻译成氨基酸序列，然后提交给计算机直接读数？
我听说还得加上我的标签大小，但我的载体上才有标签，目的基因上没加，怎么办？大家有人听过这种算法吗？

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如果是原核表达，应该是比较可靠的，因为没有羰基化等对分子量影响较大的翻译后修饰。酵母、细胞等表达系统则另当别论。
这里有个概念问题。你要计算的蛋白是什么？标签是在融合蛋白上的一个特定aa序列，如果你的蛋白以融合形式表达，当然要将标签计算在内。最简单的方法是将重组载体中含有目的基因的那个ORF考出来，用软件翻译成aa，再计算该aa的分子量。
“但我的载体上才有标签，目的基因上没加，怎么办？”再学习一下“标签”的概念。