【讨论帖】信号肽序列的分析

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标题:【讨论帖】信号肽序列的分析

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发表于 2013-8-8 13:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

关于信号肽序列的分析可以上NCBI里的BLAST里搜索比对,也可以用软件分析,网上也有在线分析的，请参阅张成岗主编的生物信息学一书

1。信号肽主要有疏水性氨基酸组成，这对于原核表达是致命的，所以，宁可错杀一千，不可漏过一个。况且少2个氨基酸，对随后的活性，抗原性一般不会有影响。

2。现在的信号肽预测已经发展得很好了，如果评分>0.95，根据我的经验，一般可以肯定是准确地。而且原始文献也不一定准确，要看通过啥方法确定的信号肽，即使是aa测序，有时也不能够确定具体的位点。DXY imsupergene 战友

目的基因一般是已知基因，可以从Genbank查找该基因的资料，一般都标出信号肽的序列。
cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/')是非常不错的信号肽预测软件，我们用几个已知信号肽的基因作过验证，也根据它的预测结果设计过实验。

真核载体pcDNA3.1是非融合表达载体，需要自己添加信号肽。如果你做胞内表达，当然就不必考虑信号肽问题了，但有注意你的目的基因胞内表达将失去糖基化等翻译后加工机制，可能会影响活性，胞内蛋白的纯化通常也要比分泌蛋白要复杂一些。

以下网站对目的蛋白的信号肽进行分析：
cuturl('www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/')
cuturl('www.stepc.gr/~synaptic/sigfind.html')
bioinformatics.leeds.ac.uk/prot_analysis/Signal.html

如果我要使目的基因在细胞外表达，而经过分析我的目的片段并没有信号肽，我该如何设计此段多肽？
信号肽的设计大体有三种，一是用基因自身的信号肽，二是用其他基因来源的信号肽，三是用人工设计的信号肽。用基因自身的信号肽优点是切割位点有把握，可以得到天然的N末端，这对于体内用途较重要，但基因本身的信号肽分泌能力未必是最佳的。使用其他基因来源的信号肽一般选择分泌能力强的序列，如免疫球蛋白的信号肽使用非常广泛，还有用MHC和某些细胞因子（如IL-2)的信号肽的，但这种设计往往会造成切割位点漂移，造成分泌后的蛋白N端缺失或增加几个氨基酸或N端不整齐，对于研究目的只要不影响活性就问题不大，但作为药物设计则容易招致疑问，毕竟表达产物不是天然的东西。人工设计的信号肽含有一段疏水氨基酸串作为核心，在切割位点前通常有碱性氨基酸。人工设计的信号肽一般分泌效率没问题但缺陷也是切割位点的准确性。
可以选择多个信号肽候选分子，然后用软件预测，选择预测结果最肯定，切割位点最特异的作为实际采用的设计。

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发表于 2013-8-8 13:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

最近一段时间，看了一些关于Signal Peptide文章和网站。现在，我将比较有用的文章和网址归纳了一些，贴到此处：

1、预测有无信号肽：
cuturl('www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/')
cuturl('www.stepc.gr/~synaptic/sigfind.html')
bioinformatics.leeds.ac.uk/prot_analysis/Signal.html
（以上三个网址由Yong主任和Liven提供）
cuturl('http://psort.nibb.ac.jp/')
cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/')
cuturl('http://www.mbb.ki.se/tmap/index.html')

2、一些有关信号肽的链接：
cuturl('http://plantst.sdsc.edu/plantst/html/links.shtml#analysis')
cuturl('http://www.itb.unistuttgart.de/training/bioinformatics99/Solutions/4/Sessions/Sessio4.html')
cuturl('http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/detail/C0887827L1772874.html')
cuturl('http://bioinfo.hku.hk/emboss/sigcleave.html')
cuturl('http://helios.bto.ed.ac.uk/bto/glossary/s.htm#signal') hypothesis

3、在线课程：
cuturl('http://divcom.otago.ac.nz/infosci/courses/info331/2002/Lectures/24/index.htm')
4、含信号肽的载体：
cuturl('http://www.med.umich.edu/vcore/Plasmids/pUMVC6a.htm')
cuturl('http://www.med.umich.edu/vcore/Plasmids/pUMVC7.htm')

5、Papers:
（1）

138626-MethodsforDetectingtheSignalPeptide.pdf (63.55k)

Papers:
（2）

138634-Supportvectormachinepredictionofsignalpeptide.pdf

可以检测序列中又无信号肽的软件:

下载地址:

cuturl('http://www.bio-soft.net/')

蛋白质分析-----AnthePro 5.0

介绍:
1.9兆，蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。(138.62k)

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发表于 2013-8-8 13:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我觉得信号肽预测挺有用的呀，最近我筛到一个可能的转录因子，想进行细胞定位，在实验前如果能通过软件预测蛋白的定位，那么我们在实际操作中就能有的放矢了！

nvdabing[使用道具]
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发表于 2013-8-8 13:54 资料个人空间短消息加为好友

小中大

好话题，我想请教一下楼主，如果对于具有细胞内双重或多重定位的，应该怎样分析呢？很多时候，这些预测软件往往对其主要定位区域有较为准确的预测，但是有一些线粒体定位的蛋白，它同时也具有细胞核的定位，这时候的评分往往是很低的，那么我们应该怎样预测分析呢？

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发表于 2013-8-8 13:55 资料个人空间短消息加为好友

小中大

但是有一些线粒体定位的蛋白，它同时也具有细胞核的定位

===========================================================================================================

请教，能否举一两例这样的蛋白？

另，我有一蛋白目前仅发现具有出核信号，但其表达量较低时主要定位于核，而表达量稍高则聚集于胞浆，再高则聚集于线粒体。请问这样的现象如何解释？

箭头儿[使用道具]
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发表于 2013-8-8 13:55 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 白白的 于 2013-8-8 13:55 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
但是有一些线粒体定位的蛋白，它同时也具有细胞核的定位

===========================================================================================================

请教，能否举一两例这样的蛋白？

另，我有一蛋 ...

of course, it is not a unique phenomenon. See below:
cuturl('http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002161')

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发表于 2013-8-8 13:56 资料个人空间短消息加为好友

小中大

好话题，我想请教一下楼主，如果对于具有细胞内双重或多重定位的，应该怎样分析呢？很多时候，这些预测软件往往对其主要定位区域有较为准确的预测，但是有一些线粒体定位的蛋白，它同时也具有细胞核的定位，这时候的评分往往是很低的，那么我们应该怎样预测分析呢？

===========================================================================================================

楼主的问题很好啊，我也是刚刚开始这方面的研究，不是很懂，想通过这个话题讨论向大家学习学习。
觉得遇到这种问题软件比较难解决，而且目前好像核定位的预测做得比较好，其它的可信度不高。但回到实验本身我们发现，这样的问题有时也很好解决，因为我们研究一个蛋白的定位，首先肯定是对它的功能有一些了解，有时通过功能可以更好地预测它的定位。我们实验室之前就筛到一个抗重金属的基因，软件预测的评分很低，但我们大胆猜测它的功能与液泡紧密相连，应该是定位在液泡上，最终证明我们的猜测是正确的

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发表于 2013-8-8 13:56 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 箭头儿 于 2013-8-8 13:55 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

of course, it is not a unique phenomenon. See below:
cuturl('http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002161')

文章看了，主要涉及生物信息，不是很懂。文章把线粒体定位蛋白分作dual localized mitochondrial proteins和exclusively mitochondrial proteins, 我想知道dual localized mitochondrial proteins会有什么样的功能？线粒体蛋白结合蛋白算不算这一类？这一类蛋白的实际定位与什么有关？

再扯回我想问的蛋白，其实就是HBV的HBx蛋白，对于它的定位，不知版主有什么看法？非常感谢您的回答。

applebook=213[使用道具]
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发表于 2013-8-8 13:57 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请教版主，如果我有一蛋白本身带信号肽，但表达出来是没有活性的，于是想不表达该蛋白本身的信号肽，而是让其带上大肠杆菌某种信号肽，能否告知该怎么做？有文献可看吗？

ero11[使用道具]
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发表于 2013-8-8 13:57 资料个人空间短消息加为好友

小中大

很好的专题，我的蛋白去掉信号肽后ELISA检测的活性非常好！