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标题:【求助】酵母双杂交 实验流程问题 请多指教 !

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1
 

【求助】酵母双杂交 实验流程问题 请多指教 !

我上个月做了 mating (酵母双杂交的一种办法)。
现在已经做到了,X-gal assay。
从230多个克隆里 第一次选出了68个蓝色克隆。
第二次 挑选出了74个蓝色克隆。
可是,对比发现重复变蓝的只有 11个。

What can I do for it NEXT~

我的具体步骤是。

一 :文库建立

1. mammalian cell total RNA --> Poly A RNA --> dsRNA --> 提纯 dsRNA。
2. 将提纯的dsRNA 转染到AH109细胞株,涂在 150ㅠ待 3~5天克隆出现 并长势饱满.
3. 每个150ㅠ, 放入5ml freezing media ,将细胞收集在一起,均匀混合,1ml 分装, -70度保存。

二 :酵母双杂交

1 . mating , mating product 分别涂在 40个 TDO(SD/-H -L -T), 10个 QDO( SD/-A-H-L-T) 。
2 . mating efficiency 3% 大于下限值2%。
3 . 实验步骤说明上,说3-8天克隆会出现。可是我的 大概 12天才长了出来(TDO)。
小心的将 TDO上长出来的 280个克隆,转移到TDO。
 再次培养了4天左右  发现 21个在转移后没有继续长,所以淘汰掉。
4.将TDO上的克隆,转移到 QDO (for strong interaction assay )/ 牙签上 剩下的一点点细胞 划在了100ㅠ的TDO(for colony X-a-gal filter assay) 。 双重选择,在QDO上生长,并在X-a-gal筛选中变蓝的克隆。
5. 以上方法,选出223个在 QDO 上生长的克隆。
6. X-a-gal filter assay 两次。 

到这里 问题出来了 从230多个克隆里 第一次选出了68个蓝色克隆。
第二次 挑选出了74个蓝色克隆。
可是,对比发现重复变蓝的只有 11个。
而且,书上说 X-a-gal filter assay最多不要超过8小时。
可是我的克隆,基本都是在6-8小时之间 变蓝的。

请大家 一起分析一下,怎么两次 X-a-gal filter assay 变蓝的差距这么大。
难道,都是假阳性??

我首先将两次实验重合的 11个克隆的 plasmid DNA 提了出来,正在测序。

剩下的怎么办? 11个也太少了,之后的实验,怎么办? 有必要 再作一次 X-a-gal filter assay么?? 要是,又发生么变化,怎么办??

拜托各位!! !
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2
 

我用的试剂盒与你的一样。不过X-a-gal filter assay 我没做过,而是把在QDO上生长的菌落,挑到QDO+X-a-gal 的平板上。一块9cm的平板等分成8份扇型区域,可以划线8个菌落。然后挑蓝色的“单菌落”抽提酵母质粒进行分析。

还有,据我发现,这个试剂盒推荐的阴性对照在TDO上也能生长,但生长速度会明显比阳性对照慢。
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49888[使用道具]
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3
 

我见过别人用这个试剂盒做出过假阴性的情况,这是我后来验证的时候发现的。 我建议还是把经过X-a-gal filter assay 显阳性的菌落都划线到QDO+X-a-gal 的平板上,看能不能得到蓝色的单菌落。

这里要注意,QDO+X-a-gal 平板上划线需要一定的技巧,划的菌体不能太多,菌体太多得不到单菌落得。 记住,最好能得到蓝色的 单菌落。
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mamamiya[使用道具]
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4
 
有11个克隆足够 了,只要真能筛到别人没筛到的。你不是做组学的。而且酵母用来做组学,有点不使用,后续的pulldown,co-ip会做死去。

验证的话,要再次共转化质粒入AH109,不能用以前的已经转化的。即便是阳性对照,pgadt7-t + p53,你把放置一个月的板子拿出来做显色,一样不显。酵母显色,生理活性的检测,必须make fresh.

你是做酵母融合?mate
这个我没做过,我只做过一个BD对library的。我记得mate是双库对筛的时候用的。不太推荐划线,因为曾经将阳性对照和阴性对照划同一板子,再滤纸显色,居然阴性也有点蓝,不过淡淡的,可以忽略不计。如果是筛选弱的相互作用,就最好不要。不过谁想要弱的呢,所以划一块板,也问题不大。大家慢慢切磋吧,相互进步
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5
 

我也不是特别喜欢 mating 的方法。这是老板再读PhD时,曾经用过的办法。
我们实验室,做的是 RANKL sianal 引导的 Osteoclast 分化实验室。
市场上,目前还没有 针对我们实验室体系的酵母cDNA文库.

实验室,我是第一个做酵母实验的,问都没有地方去问 (郁闷ing) 。
摸爬滚打了5个月,终于从文库做到了 Y2H的尾声。

突然间发现,分析实验结果才是最重要的。

多谢2位的回复。

我会参照的,,,谢谢,再次感谢。
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zsxan1990[使用道具]
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11个还嫌少啊,关键要看这挑出来的11个单菌落测序后是不是你想要的,只要里面有一两个测序后没发生移框,是重要的基因,那往后就是一片坦途了,呵呵。
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不过,就是有点想不通。
为什么,变蓝的细胞,差距这么大。
68个,和 74个。
除了 重合的11个外。
难道是,其他的,假阳性的可能性大么??

酵母的变化为什么这么难琢磨呢,,,似是又非是。。
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要是11个真正的阳性结果是不少了。我不知道你所说的做两次是步骤是啥。系统说明书应该还要再进行转化验证,就是提取酵母细胞中的猎物质粒然后再进行再转化验证。要是还是阳性说明结果还是比较可靠地。系统的对照也要充分的利用好。因为猎物和诱饵在酵母细胞中有可能会丢失,或者会有多个诱饵和猎物进入同个细胞中。
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要是11个真正的阳性结果是不少了。我不知道你所说的做两次是步骤是啥。系统说明书应该还要再进行转化验证,就是提取酵母细胞中的猎物质粒然后再进行再转化验证。要是还是阳性说明结果还是比较可靠地。系统的对照也要充分的利用好。因为猎物和诱饵在酵母细胞中有可能会丢失,或者会有多个诱饵和猎物进入同个细胞中。

======================================================================

提取质粒,再转化的方法,是不是就是将我的bait和提取出来的partner --cotransfection 一次??
或者,我打算做的是 GST pull down。
因为,我们实验室 GST pull down system 比较好。

先选出来的 11个克隆,我做了 colony PCR 发现没有多个猎物。都是一条基因。。

上面,我说的 做两次,指的是 X-a-gal filter assay 做了两次。
可是 两次,选出的 变蓝克隆,都不一样。。
酵母的可变性,假阳性的变化,难道这么大么?
还是 第一次 经历全过程,下不了肯定的结论,比较着急~~~

唉!!
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提取质粒,再转化的方法,是不是就是将我的bait和提取出来的partner --cotransfection 一次??
或者,我打算做的是 GST pull down。
因为,我们实验室 GST pull down system 比较好。

先选出来的 11个克隆,我做了 colony PCR 发现没有多个猎物。都是一条基因。。

上面,我说的 做两次,指的是 X-a-gal filter assay 做了两次。
可是 两次,选出的 变蓝克隆,都不一样。。
酵母的可变性,假阳性的变化,难道这么大么?
还是 第一次 经历全过程,下不了肯定的结论,比较着急~~~

唉!!

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个人对酵母双杂交一点点肤浅的认识,仅提供给你参考。

1. 提取质粒,再转化,可以采用你说的共转,也可以交换宿主菌,再做一次mating,应该说mating比共转还是好作一些,而且更有优势;

2. GST pull down 那是需要你的诱饵蛋白和靶蛋白都能很好的表达与纯化,仅有该实验可能还是不够,因为这个是体外实验,还需要CO-IP或者FRET来进行验证,共定位只能间接说明两蛋白之间的相互作用。Humana Press有一本书叫做Protein-protein interaction,你可以仔细地选择部分章节进行参考;

3. 至于两次都不一样的情况,既然都是单基因的话,可以优先考虑共同的部分,即变蓝呈交集的部分,测序后仔细分析。

酵母双杂交从建库到筛选是件很累人的事情,这么快就能做这么好,值得鼓励,而且做的是osteoblast,那么下一步可以考虑在MSC诱导成骨过程中这些基因或蛋白的关键作用了。

个人意见,仅供参考。不足之处,请批评指正。
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