蛋白质与蛋白组学

"既然peptide是由数据库搜索才鉴定出来的，那么protein group的注释是怎么完成的？根据各组成肽段的注释信息吗？"
在由peptide合成protein group 的过程中，是会选择你所用的数据库的。因为蛋白信息也就有了。原来我生成protein group的时候是可以选择》2个peptide能匹配到一个protein上时，才认为可信。

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问题：我有一个问题，我也做的是非模式生物，蛋白质库不全。我看有文献是用的EST的数据库，但是我不知道该如何翻译蛋白库。你说你的数据库是翻译过来的氨基酸数据库。我想请教一下是怎么翻译的。急！
谢谢！
抱歉数日未关注帖子。翻译数据库我们使用的是EMBOSS package的GETORF，详细信息见：Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000;16:276.
希望能对您有帮助。

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1.由peptide组装为protein group是依赖什么原理，序列相似性吗？如何确定组装的可信度？既然peptide是由数据库搜索才鉴定出来的，那么protein group的注释是怎么完成的？根据各组成肽段的注释信息吗？【这是我最不明白的地方】

两条肽匹配上同一个蛋白质算是可靠鉴定了这个蛋白质。
但是同时因为很多蛋白的同源性很高，所以两条肽可能同时匹配上很多个蛋白质，比如ACT1 ACT2 等等，此为一个group

所以我们现在说鉴定到一个蛋白质，需要有这个蛋白质的unique peptide 被鉴定到了才算。关于unique peptide ，即这个蛋白特有的肽段

2.每一个protein group的注释都有很多冗余。这首先很大程度上是因为我数据库的原因（因为我做的物种没有现成的数据库可以用，所以使用了EST翻译成的氨基酸序列库，肯定有大量的冗余）。我想问的是，如果使用非冗余的数据库，这种注释的冗余会消失吗？因为我自己的单位没有条件进行EST的拼接工作，所以使用了冗余的数据库。如果拼接EST后可以消除prptein group冗余的情况，我想可以考虑花钱请公司帮忙拼接、去冗余；但是如果拼接后的数据库仍有冗余的话，就似乎没有必要再去消除EST的冗余了。

EST 很头疼，暂时木思路。

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开始几天总也没有人回复，有一段时间没来了，还以为帖子沉了呢呵呵。
再请问战友：由peptide组装protein group时，使用的是什么软件？还是mascot提供此功能？（没见过stand-alone mascot软件的山人问）

另汇报一下最新进展，请公司重新将质谱数据比对了一下经过拼接的EST数据，比对结果已经拿到，看起来冗余问题解决了相当一部分，因为annotation还未做完，确定的结果我会后面发上来。

我第一次做label-free的实验，感觉数据的后续处理过程中还有很多问题，主要指差异分析过程，包括其中应该采取的统计方法、阈值设定等等。我的想法是把现在的工作当成一个案例拿出来供各位战友讨论，大家互相学习提高（当然另外也可以帮助我完成项目，这也很重要），大家认可的话，可以常来看看，讨论一下。

热烈期盼更多的人参与！