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标题:【求助】请教蛋白质质谱测序

cwcwcww[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】请教蛋白质质谱测序


请教各位战友，我现在想用质谱进行蛋白质测序，我的蛋白在电泳上看来是一条带，但是有可能不是一种蛋白，应该是可以用质谱进行测序的吧？我是想直接从凝胶上切下来，然后侧序。另外想请教一下，在质谱测序的时候对蛋白质样品有什么要求？我看见军科院的仪器中心是要求不含有不挥发盐，但是做凝胶电泳时是有很多盐的，是不是测序前要处理样品？用水来置换buffer？？
请各位多多指教！谢谢！
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sr9971[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

可参照军科蛋白质组中心cuturl('http://www.proteomics.com.cn')提供的protocol。虽然做凝胶电泳时样品有盐，但电泳过程中盐是会与蛋白分开的，相当于有个脱盐效应。测序前样品处理参照protocol做就可以了，样品用不着特别处理。不过提胶点时要注意带好手套等，防止角蛋白污染。Trypsin用测序级的，EP管和Tip头用硅化过的。
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cwcwcww[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问如果一条带里也许不是一种蛋白 ，那么用质谱可以侧序吗？？
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dreaming[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
不同的地方对样品的要求不同。有的只要你把目的条带从胶上切下来就可以，这样的地方主要有上海生化细胞所蛋白质组研究分析中心陈薇/呼建文处，可以负责样品的制备，（包括脱盐、酶解，但需要你染色）和上海基康公司，基康的咨询电话是021-69456278转 27或34找田军，或是021-54262636找曹玉玲。
有的地方需要你处理好样品，比如中山大学仪器测试中心 ，中科院化学所 赵振文老师 熊少祥教授处。他只管上质谱鉴定，但一般价格较便宜，一个点300元左右。
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cwcwcww[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

到底一个条带里包含几种蛋白可不可以测序那？？基康公司好像只可以用endman降解法。
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发表于 2013-10-25 22:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你是用的1D OR 2D Eletrophoresis?
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cwcwcww[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1D电泳，免疫共沉淀后跑的，想测沉淀下来的蛋白的序列。谢谢！
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发表于 2013-10-25 22:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 cwcwcww 于 2013-10-25 22:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
1D电泳，免疫共沉淀后跑的，想测沉淀下来的蛋白的序列。谢谢！

免疫沉淀后的蛋白再做1D-PAGE应该比较纯了，可以上质谱鉴定！
最近，我也在做这项工作，可IP始终做不好，能否请苏小姐介绍一下你的经验！望不吝赐教！
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发表于 2013-10-25 22:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

质谱可以测几种蛋白呀。不过要用tandem MS罢了。象一条带里有几种蛋白质的话，酶解后肽段提取物可上ESI-MS/MS获取各肽段的（部分）氨基酸序列，理论上讲，一般一条6AA的准确氨基酸序列就可准确鉴定蛋白质了。不过测MS/MS国内收费可不菲哟，价格在2000~4000左右/sample。另外，你的样品来源是什么？要是基因组测序完成的话还好，要是那些还没基因组测序的话可就惨了。
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cwcwcww[使用道具]
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发表于 2013-10-25 22:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢！！我做Ip的时间也不长，我觉得主要是预清除要做好，另外孵育时间也要摸一下。我得到的带不纯，因为我用edaman降解法测不出来，显示是蛋白不纯的缘故，白花了钱。所以现在想用质谱试试！
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