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标题:【求助】有关代谢组学的问题，请各位指点

zbboom[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】有关代谢组学的问题，请各位指点


我想咨询的问题：
有谁用过代谢组学的软件，我用的是UPLC-MS得到的尿液和血液的数据，我想问一下，如何对数据进行处理，怎么进行峰匹配（峰对齐）
“对血清和尿液样进行检测后，原始数据采用Waters MarkerLynx 4.1软件进行色谱谱峰识别以及峰匹配，由于血清或尿液样中各代谢物的浓度差异较大，因此需要首先对每个色谱图中的色谱峰采用归一化的方法进行预处理，然后构建多维数据集，再采用代谢组学软件SMICA-P(version12.0，Umetrics Sweden)进行多维数据的分析。数据的识别分析方法包括主成分分析法（PCA）、偏最小二乘-判别分析法（PLS-DA）和正交偏最小二乘-判别分析法（OPLS-DA）等。采用PCA或PLS-DA等将多维数据降维后，能得到信息采集中的主成分，用于描述机体代谢的变化情况，从而获得有价值的生物信息。”
问题：
（1）这段中，原始数据是指什么，是我得到的峰面积吗？
（2）waters Markerlynx4.1软件是仪器带有的吗？如果不是，怎么得到软件，怎么用？
（3）每个色谱峰的 归一化怎么处理？
（4）构建多维数据集是怎么构建的？是不是就是得到数据啊？
（5）我要用SMICA-P这个软件做代谢组学的研究，需要得到怎么样的数据，是色谱峰的峰面积，保留时间，还是什么数据呢？
（6）我刚接触代谢组学，有很多都不太懂，有人能指导一下吗，能把这个方法的详细过程，具体的操作，及其注意事项详细的说一下吗？
（7）动物灌胃时，为什么只设高剂量组和低剂量组，而不设个中间剂量组呢，每组几只最好呢（我看资料有五只，有八只的）？血液代谢组学内眦取血为什么只取一次，是不是取后大鼠就死了呢，而尿液却天天取，取七天呢？
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=pkchen=[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我最近也做代谢组学我简单的回答一下吧，如果有不对的地方，请各位高手指点：
1、原始数据可以是指峰面积，也可以指峰强度，主要看你用的是什么数据了；
2、waters Markerlynx4.1软件是仪器带有的，涉及到知识产权问题，估计要购买，这种软件基本上没有可以共享的，不过你可以使用其它软件如XCMS等，可以参阅文献，我估计到了今天你肯定已经找到了相应的解决办法；
3、我认为数据的匹配和归一化有很多取决于你在实验过程中的重复性的高低；即使有软件如果你的原始结果重复性低，最终结果偏差很大；
4、这个问题要根据你所选用的方法了，如果用MATLAB，肯定是要建立矩阵的啊；
5、SMICA-P，我没有用过，不过RT，峰面积和M/Z，我认为一个也不能少；
6和7我打算做人的，所以可能不能回答你的问题，另外，你有SMICA-P的***版吗，能不能给我发一个？
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tangxin_80[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主及各位战友，不知道你们做代谢组学做的怎么样了，一定很熟练了。很想向你们请教一下代谢组学处理数据的问题，如XCMS以及Simca等软件的应用。不知道怎么联系你们。
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njkph[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

下载了一个SIMCA-P的中文使用说明，有需要的可以看看
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windboy[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我想请问一下UPLC-MS能不能检测葡萄糖，丙酮酸含量，一次大概可以做几个标本？帮别人检测的话收费怎样？谢谢
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tudou85[使用道具]
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发表于 2013-10-27 10:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
代谢组学的数据分析是比较难的，所有的数据分析软件都是收费软件，我公司经过三年的研发，现在已经研发了一套完整的数据分析方法，可以对GC-LC，LC-MS和NMR数据的全面分析

上海敏芯信息科技有限公司是国内较早专业从事代谢组学的公司，09年至今已经发表多篇代谢组学SCI论文，涉及LC-MS，GC-MS和NMR平台（包含实验及数据分析），是国内最专业的代谢组学服务商。欢迎咨询，网站cuturl('www.sensichip.com.cn')（021-31523052）

发表的SCI论文列表
复旦大学： Jiaoran Menga, Xiaodong Zhangb, Hao Wuc, Jing Bua, Chenyi Shia, Chunhui Denga,Yu Maob, Morphine-induced conditioned place preference in mice: Metabolomic profiling of brain tissue to find “molecular switch” of drug abuse by gas chromatography/mass spectrometry,Analytica Chimica Acta.2011.IF=4.31
中山医院：Hao Wu, Ruyi Xue , Huazong Zeng, Xizhong Shen et al., Metabolomic profiling of human urine in hepatocellular carcinoma patients using gas chromatography/mass spectrometry, Analytica Chimica Acta,648 (2009) 98–104.IF=4.31
中山医院：Wu H, Xue R, Tang Z, Deng C, Liu T, Zeng H, Sun Y, Shen X , Metabolomic investigation of gastric cancer tissue using gas chromatography/mass spectrometry , Anal Bioanal Chem. 2010;396(4):1385-95. IF=3.841
中山医院：Hao Wu, Huazong Zeng, Xizhong Shen et al., Metabolomic study for diagnostic model of oesophageal cancer using gas chromatography/mass spectrometry, Journal of Chromatography B, 877 (2009) 3111–3117.IF=2.971
中山医院：Wu H, Xue R, Tang Z, Deng C, Liu T, Zeng H, Sun Y, Shen X , GC/MS-based metabolomic approach to validate the role of urinary sarcosine and target biomarkers for human prostate cancer by microwave-assisted derivatization.IF=3.78
浙江大学附属第一医院：Feng Chen, Zhi Chen, et al., Identification of Serum Biomarkers of Hepatocarcinoma through Liquid?Chromatography/Mass Spectrometry-based Metabonomic Method, Anal Bioanal Chem.IF=3.841
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