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标题:【求助】做完SELDI-TOF-MS，下一步能做什么？

yapuyapu[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】做完SELDI-TOF-MS，下一步能做什么？


临床体液样本做SELDI-TOF-MS，如果做完后，找到蛋白表达谱，然后怎么办？如何继续下一步呢？有办法进行蛋白鉴定吗？能够进行和临床指标的相关分析吗？请高人指点！期盼中
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nn255[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

相关疾病：
卵巢癌
做完SELDI-TOF-MS后,你可以做以下几步工作:
1、利用所得的蛋白表达谱构建诊断模型，进行临床诊断的初步探讨；
2、根据蛋白表达谱，找出相关疾病的差异蛋白，进行分离纯化鉴定，由于SELDI-TOF-MS找到的差异蛋白都是小分子量的蛋白，所以分离这些蛋白目前来说还是比较困难，你可以采取以下策略，先将临床体液样本跑Tricine–SDS-PAGE进行初步的分离，然后再切胶进行质谱鉴定（可使用ESI或MALIDI-TOF-MS）；
3、找到蛋白表达谱是可以进行和临床指标的相关分析，就我所做的经验来说，SELDI-TOF-MS可以得到相应蛋白峰的表达相对含量，这样的话，就可以与临床上常用的指标进行相关分析，如在卵巢癌可进行血清CA125和你在血清中找到的相应蛋白质峰进行相关分析。
以上就是本人所得的一点体会，不知道是否给你点提示。
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yapuyapu[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

多谢楼上指点! 您所提到的“2.先将临床体液样本跑Tricine–SDS-PAGE进行初步的分离，然后再切胶进行质谱鉴定（可使用ESI或MALIDI-TOF-MS）”，我认为很可能通过二维双向电泳及MALIDI-TOF-MS质谱鉴定出的差异蛋白和SELDI-TOF-MS中找到的差异蛋白不是同一种蛋白，分子量无法一致，出现这种情况怎么办？怎样才能把SELDI和MALDI有效的结合起来？请指教！
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发表于 2013-11-5 22:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你说的情况我也碰到过,我们也曾经用2-DE结合MALIDI-TOF-MS鉴定SELDI-TOF-MS找出来的差异蛋白,但效果不理想。我想是因为SELDI-TOF-MS找出来的都是低分子量的蛋白质或者是低丰度的蛋白质，而2-DE对低分子量的蛋白质的分辨率比较低，同时上样量的限制也使低丰度蛋白质难以检测，所以我们认为不能用通过二维双向电泳及MALIDI-TOF-MS质谱鉴定出的差异蛋白，我们才用了Tricine–SDS-PAGE进行初步的分离，然后再用MALIDI-TOF-MS质谱鉴定。
此外，你也可以用HPLC串联质谱来试试看。
希望以后有更多机会相互学习。你们现在主要做哪方面的研究？
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bluelake[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问在哪里可以做SELDI-TOF-MS，我要检测大样本的临床体液样本！
不知道在哪里做？怎么联系这些科研院所？
谢谢！
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yapuyapu[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我在做尿液方面的，SELDI-TOF-MS的重复性太差，有人说，做SELDI-TOF-MS没有太大意义，究竟是做2-DE结合MALIDI-TOF-MS好呢？还是SELDI-TOF-MS好一些？或者两者都做？iceman8819 ，你用Tricine–SDS-PAGE进行初步的分离，那分离出来的应该是混合蛋白吧？你如何纯化的呢？能直接进行MALIDI-TOF-MS质谱鉴定吗？你认为SELDI-TOF-MS和2-DE结合MALIDI-TOF-MS，两者哪个更好一些？
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kswl870[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

SELDI-TOF-MS的确有重复性太差的问题,但他是目前对小分子量蛋白检测比较灵敏的工具,SELDI-TOF-MS可以给你的研究提供一些有用的信息和思路 ，特别在寻找小分子量的蛋白方面。2-DE也有其技术上的不足，他也存在重复性差的问题，对同一样本你可以跑出不同的结果。我个人认为如果你是找10KD以上的蛋白，你可以选择2-DE结合MALIDI-TOF-MS进行研究，如果你是进行小分子量的蛋白研究，你可以用SELDI-TOF-MS进行初步的研究，得到相应的信息。
用Tricine–SDS-PAGE进行初步的分离，那分离出来的确是混合蛋白，你可以通过高效液相等技术手段进行分离纯化，这里应该有好多技术进行纯化，这样得到相对纯的样品后，你可以行MALIDI-TOF-MS质谱鉴定了，这一路线可以走得通的，你可以试试。
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nikun230[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

,我公司对外承接临床体液样本的差异蛋白质组分析工作.采用德国BRUKER的Clinprot系统,利用液体芯片分离样品之后采用MALDI-TOF/TOF进行检测.随后还可对寻找到的差异分子进行二级质谱分析,可解决SELDI后续工作困难的问题
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hustwb[使用道具]
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发表于 2013-11-5 22:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

从已经发表的结果看，SELDI找出的蛋白算不得低丰度吧？
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