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标题:【求助】疏水层析

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【求助】疏水层析


大家好,目前要分离一蛋白质,此目的蛋白是否适合用疏水层析处理,怎么看的出来呢?
a-干扰素用疏水层析分离效果好吗?
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redbutterfly[使用道具]
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指导氨基酸序列码?可以用软件分析一下其疏水性。
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米西11米西[使用道具]
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CDLPQTHSLTHTRALRLLAQMRRISPFSCLDHRRDFGFPQEALGGNQVQKAQAMALVHEMLQQTFQLFSTEGSAAAWDESLLHQFCTGLDQQLRDLEACVMQEAGLEGTPLLEEDSILAVRKYFHRLTLYLQEKNYSLCAWEIIRAEVMRVFSSSTNLQDTLRKKE

这是氨基酸序列 能帮我分析一下 适合用疏水层析吗?非常感谢你的热心帮助
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damingxia0904[使用道具]
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ProtParam
User-provided sequence:
10 20 30 40 50 60 CDLPQTHSLT HTRALRLLAQ MRRISPFSCL DHRRDFGFPQ EALGGNQVQK AQAMALVHEM 70 80 90 100 110 120 LQQTFQLFST EGSAAAWDES LLHQFCTGLD QQLRDLEACV MQEAGLEGTP LLEEDSILAV 130 140 150 160 RKYFHRLTLY LQEKNYSLCA WEIIRAEVMR VFSSSTNLQD TLRKKE References and documentation are available.
Please note the modified algorithm for extinction coefficient.

--------------------------------------------------------------------------------
Number of amino acids: 166

Molecular weight: 19058.7

Theoretical pI: 5.87

Amino acid composition: Ala (A) 14   8.4%
Arg (R) 12   7.2%
Asn (N) 3   1.8%
Asp (D) 8   4.8%
Cys (C) 5   3.0%
Gln (Q) 15   9.0%
Glu (E) 13   7.8%
Gly (G) 7   4.2%
His (H) 6   3.6%
Ile My heart 4   2.4%
Leu (L) 25   15.1%
Lys (K) 5   3.0%
Met (M) 5   3.0%
Phe (F) 8   4.8%
Pro (P) 4   2.4%
Ser (S) 11   6.6%
Thr (T) 10   6.0%
Trp (W) 2   1.2%
Tyr (Y) 3   1.8%
Val (V) 6   3.6%
Pyl (O) 0   0.0%
Sec (U) 0   0.0%

(Black Eye 0   0.0%
(Z) 0   0.0%
(X) 0   0.0%

Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 21
Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 17

Atomic composition:

Carbon C   836
Hydrogen H   1323
Nitrogen N   239
Oxygen O   251
Sulfur S   10

Formula: C836H1323N239O251S10
Total number of atoms: 2659

Extinction coefficients:

Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.

Ext. coefficient 15720
Abs 0.1% (=1 g/l) 0.825, assuming ALL Cys residues appear as half cystines

Ext. coefficient 15470
Abs 0.1% (=1 g/l) 0.812, assuming NO Cys residues appear as half cystines

Estimated half-life:

The N-terminal of the sequence considered is C (Cys).

The estimated half-life is: 1.2 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).
>20 hours (yeast, in vivo).
>10 hours (Escherichia coli, in vivo).

Instability index:

The instability index (II) is computed to be 56.56
This classifies the protein as unstable.

Aliphatic index: 87.05

Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.314
疏水性为-0.314,表示疏水性弱。但是这和能否用疏水柱进行纯化没有多强的关系。
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再请问个问题 这个序列的等电点能分析出来吗?是多少? 非常感谢你的解答。
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继续请教,疏水性为-0.314,表示疏水性弱。但是这和能否用疏水柱进行纯化没有多强的关系。请问是否适合用疏水层析处理有什么其他依据吗?我怎么样判断氨基酸序列适合不适合疏水层析呢?诚请大家给予指导,非常感谢大家的帮助。
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等电点帖子中有啊,Theoretical pI: 5.87
是否适用疏水层析要做试验才知道,它还和你要去除的杂蛋白相关呢。而且在高盐环境下你的蛋白是否稳定也不知道,只看一个理论分析的疏水性没有用的。

还有,自己发过的帖子要看的,不要总是重复发帖问相同的问题。关于序列分析你已经问过的。
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=15298277&sty=1')
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呵呵,非常感谢你的解答,原来分子量和等电点都判断出来了,谢谢。
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再请问:

那如果要做疏水层析选择洗脱液 是依据填料的种类 还是根据分离不同的蛋白选择不同的洗脱液呢,一般用什么洗脱液呢?需要做梯度洗脱吗?非常感谢大家的解答。
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damingxia0904[使用道具]
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疏水层析洗脱既不是依据填料的种类也不是依据蛋白的不同,它就是一个高盐吸附,低盐洗脱的过程。盐含量多数用硫酸铵来调节,也有用氯化钠来做的。对强的吸附还会用到有机溶剂,如乙二醇,异丙醇等等。梯度或分段洗脱一般是要做的,不然怎么确定最佳洗脱条件?
建议去找一本疏水层析的书看看。GE的Hydrophobic Chromatography电子书是有用的教材。
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