小中大【讨论帖】信号肽序列的分析
关于信号肽序列的分析可以上NCBI里的BLAST里搜索比对,也可以用软件分析,网上也有在线分析的,请参阅张成岗主编的生物信息学一书
1。信号肽主要有疏水性氨基酸组成,这对于原核表达是致命的,所以,宁可错杀一千,不可漏过一个。况且少2个氨基酸,对随后的活性,抗原性一般不会有影响。
2。现在的信号肽预测已经发展得很好了,如果评分>0.95,根据我的经验,一般可以肯定是准确地。而且原始文献也不一定准确,要看通过啥方法确定的信号肽,即使是aa测序,有时也不能够确定具体的位点。DXY imsupergene 战友
目的基因一般是已知基因,可以从Genbank查找该基因的资料,一般都标出信号肽的序列。
cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/')是非常不错的信号肽预测软件,我们用几个已知信号肽的基因作过验证,也根据它的预测结果设计过实验。
真核载体pcDNA3.1是非融合表达载体,需要自己添加信号肽。如果你做胞内表达,当然就不必考虑信号肽问题了,但有注意你的目的基因胞内表达将失去糖基化等翻译后加工机制,可能会影响活性,胞内蛋白的纯化通常也要比分泌蛋白要复杂一些。
以下网站对目的蛋白的信号肽进行分析:
cuturl('www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/')
cuturl('www.stepc.gr/~synaptic/sigfind.html')
bioinformatics.leeds.ac.uk/prot_analysis/Signal.html
如果我要使目的基因在细胞外表达,而经过分析我的目的片段并没有信号肽,我该如何设计此段多肽?
信号肽的设计大体有三种,一是用基因自身的信号肽,二是用其他基因来源的信号肽,三是用人工设计的信号肽。用基因自身的信号肽优点是切割位点有把握,可以得到天然的N末端,这对于体内用途较重要,但基因本身的信号肽分泌能力未必是最佳的。使用其他基因来源的信号肽一般选择分泌能力强的序列,如免疫球蛋白的信号肽使用非常广泛,还有用MHC和某些细胞因子(如IL-2)的信号肽的,但这种设计往往会造成切割位点漂移,造成分泌后的蛋白N端缺失或增加几个氨基酸或N端不整齐,对于研究目的只要不影响活性就问题不大,但作为药物设计则容易招致疑问,毕竟表达产物不是天然的东西。人工设计的信号肽含有一段疏水氨基酸串作为核心,在切割位点前通常有碱性氨基酸。人工设计的信号肽一般分泌效率没问题但缺陷也是切割位点的准确性。
可以选择多个信号肽候选分子,然后用软件预测,选择预测结果最肯定,切割位点最特异的作为实际采用的设计。