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标题:【求助】如何确定未知基因编码氨基酸～

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发表于 2013-12-7 21:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何确定未知基因编码氨基酸～

目前在水稻中克隆到2个拟南芥和小麦同源基因（A，B功能相似）～～
做了RACE拿到全长：
A基因比对过拟南芥和小麦后，以及NCBI上的注释，编码区可以确定
B基因NCBI的注释基本就是错的，但与拟南芥和小麦的编码区比较后可以确定其保守结构，拟南芥中也存在两个相似功能基因，其中一个有信号肽，氨基酸序列较长～～

这两个基因没有被克隆过，所以我无法确定其编码区，请问如何获得其确切的氨基酸编码区，如果要把两个基因提交到ncbi，是不是要确定其氨基酸编码区。以前做拟南芥相关基因的文章，是制备了抗体以后，进行杂交后，测得N端5个氨基酸序列，目前这个方法是否可行，另外抗体制备据说可以用蛋白质或者特异性的肽段，如果编码区未确定，把蛋白来制备抗体是不是不好？
目前蛋白质测序好像都是用质谱，但蛋白点怎么分离，是不是用ELISA，有没有什么基础书籍推荐，图书馆最近搬迁，书都找不到了

另外，求几个基因预测或启动子预测软件和网站

本人对蛋白质技术是个菜鸟，望大家为我答疑解惑，不胜感激～～
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发表于 2013-12-7 21:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

另补充下，现在课题进展到这个阶段，下一步怎么安排有点困惑～～
我的目的是验证两个基因的功能，方法就是找突变体（用RiceGE找插入突变），找得到先做突变体，找不到直接转基因进行验证，但是我又怕序列只是预测的，怕出错，那就麻烦了～～
有人建议我先得到蛋白质完整序列，这期间可以先培养材料，或者测定下酶活以及做做生理生化，但我感觉这样时间不够，做水稻转基因周期较长～～
有人建议我可以先用拟南芥做材料转一下，看看表现如何，如果好的话，在转水稻～～
目前很迷茫，实验室刚刚起步，蛋白质这块刚刚开始做，课题也是我自己找的，所以很多东西都要自己去找，但是很多方向性的问题也不敢自己做决定，没把握，希望大家提点意见和建议，谢谢～～
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发表于 2013-12-7 21:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

A和B 有没有共同的区域啊？
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2013-12-7 21:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 nn255 于 2013-12-7 21:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

A和B 有没有共同的区域啊？

谢谢指教～～

identity= 65.80%(152/231)
有3个10Aa的一致区，两个基因在拟南芥和小麦中相关基因5个保守区全部hit
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发表于 2013-12-7 21:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #4 89tongzijun 的帖子

两个基因的全长拿到了伐？
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2013-12-7 21:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
全长拿到了，就根据预测的获取cds吗？
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nn255[使用道具]
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发表于 2013-12-7 21:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #6 89tongzijun 的帖子

拿到全长了之后你还想做什么实验
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