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标题:【求助】蛋白纯化的极简单入门级问题

舞song[使用道具]
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【求助】蛋白纯化的极简单入门级问题


本人蛋白分离纯化的新手菜鸟,在一个神叨叨的老师的怂恿下没摸索条件就直接把样品上了柱子。结果惨不忍睹。至今我仍徘徊在门槛外,和一些专门做蛋白纯化的同学讨论过才知道这项工作说起来简单,其实内里乾坤很多,很多细节性的东西往往决定成败。我目前主要的困惑在几下几点:
1.摸索条件。用DEAE的话选哪种缓冲液,pH多少,盐浓度多少。这些在一本蛋白实验技术手册上有介绍,用小试管做。我想验证下大家是不是也要先摸条件,是否也想书中写的那样用小试管一个一个的试验。
2.有的文献说不通的柱子用不通的缓冲液。DEAE避免用磷酸缓冲液,因为它带负电。CM避免用Tris等。是不是这样呢?诸位纯化时分别会用到什么缓冲液呢?
3.上样量。究竟上多少合适。比如DEAE,我要具体的数值或比率。最好用A280来打比方。
玩了2个月,教训是惨痛的。从一开始被那个老师忽悠的满腔热情认为这真的很简单,到现在被打击的心理荆棘丛生。
希望得到熟练人士及高手的解救。不胜感谢。
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bamboo16[使用道具]
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1、我不用试管。试DEAE条件,根据理论等电点采用较高的pH,让样品先吸附到柱上,再逐步加大盐浓度洗脱,电泳确定分离效果及洗脱样品的盐浓度,如果吸附强的话,再逐步降低上样pH

2、缓冲液我不限制,我的感觉是没有很大影响。

3、上样量没有确定的数值,只能说DEAE的蛋白吸附容量大约为10-40mg/ml胶。和样品的状态,杂质种类,小分子色素,核酸等关系很大。

4、建议你看一看我写过的那个“蛋白质纯化武器-工艺篇”,在精华区找一找吧。
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舞song[使用道具]
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原帖由 bamboo16 于 2013-12-7 21:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
1、我不用试管。试DEAE条件,根据理论等电点采用较高的pH,让样品先吸附到柱上,再逐步加大盐浓度洗脱,电泳确定分离效果及洗脱样品的盐浓度,如果吸附强的话,再逐步降低上样pH

2、缓冲液我不限制,我的感觉是没有很大影响。

3 ...

谢谢你的回复,如果蛋白的理论等电点未知的话就不能直接确定pH了。你说电泳确定分离效果,收集的时候每个试管收集的样品量是比较少的,蛋白浓度也会被稀释,这样跑电泳能有效果吗?还是我理解错了?
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yapuyapu[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 舞song 于 2013-12-7 21:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


谢谢你的回复,如果蛋白的理论等电点未知的话就不能直接确定pH了。你说电泳确定分离效果,收集的时候每个试管收集的样品量是比较少的,蛋白浓度也会被稀释,这样跑电泳能有效果吗?还是我理解错了? ...

你没理解错,就是要把稀释了的样品做电泳检测。这样是否有效要看电泳条件和洗脱下的蛋白浓度,一般0.1mg/ml以上都能看到条带,同时也有很多其它因素,不过影响不大。

不管是已知等电点(pI)还是未知,一定要有个方法检测目的蛋白。要不怎么才能知道蛋白在哪呢?
这个方法特异性高是第一位的,速度快检测方便也很重要,节约时间。
有了检测方法,pI未知,那就随便弄个pH,一般是接近中性的,然后用DEAE或者CM过一遍柱子,盐浓度线性提高,看目的蛋白是先洗脱还是后洗脱。如此可大概确定目的蛋白pI,之后再做详细调整。

填料选择尽量选新型的,原来的纤维素和Sephadex不建议新手使用,照着那些老的中文纯化文献,嘿嘿。。。。

对纯化原理不理解可以慢慢感受,先要把外观可见的东西搞明白,弄清楚柱子的运行状态,确保每次装柱,跑柱都有效,不会干柱等,这样会加强你的信心。纯化是要多动手才能提高的。

祝顺
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舞song[使用道具]
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回复 #4 yapuyapu 的帖子

谢谢,我还有个很初级的问题,就是像DEAE和CM这种离子交换层析胶,初始我保存在20%乙醇里,每次用之前是不是要进行一些处理,主要是挂阴阳离子?比如DEAE好像用碱酸碱的顺序,这样做的目的是让胶体挂上阴离子吗?这些步骤是必须的吗?
说到胶的材料,汗~~~我们只有Sephadex和纤维素之类的,我们太不专业了啊太不专业了……
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yapuyapu[使用道具]
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回复 #5 舞song 的帖子

20%乙醇是抑菌作用。用之前将其冲洗干净即可,用什么溶液冲等下说。DEAE用碱酸碱的顺序,我没这么做过,大概是sepharose基质不需要,可能是纤维素的需要吧。

从20%乙醇拿出来准备使用了,要用纯化水或者平衡溶液将20%乙醇冲净,一般平衡的过程就能同时冲净这些乙醇了。
使用前最重要的就是平衡了,把柱子装好,向里通平衡溶液,待到进入柱子的溶液和流出的溶液的pH值一致了,且比较稳定,那么柱子就平衡好了。平衡好了之后才能稳定地吸附和洗脱蛋白,各次的洗脱效果一致性比较高,所以是必须有的步骤。以上内容在我发的那个文件里有详细介绍。

Sephadex的是离子交换介质还是分子筛?Sephadex可能比纤维素的更好些,用它做离子交换分离的时候不要装太高的柱子即可,这个树脂很软,装高了不耐压且柱效不好。

还是多做实验,效果不好也没关系,别把树脂搞废了,下次继续。

祝顺
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ROSE李[使用道具]
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呵呵,蛋白纯化还是得多用啊,新填料比老的好一点的。另外DEAE用什么缓冲液得看你样品纯化步骤,现在还有人用高盐上DEAE走流穿,很流行的。呵呵
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舞song[使用道具]
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原帖由 yapuyapu 于 2013-12-7 21:33 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
20%乙醇是抑菌作用。用之前将其冲洗干净即可,用什么溶液冲等下说。DEAE用碱酸碱的顺序,我没这么做过,大概是sepharose基质不需要,可能是纤维素的需要吧。

从20%乙醇拿出来准备使用了,要用纯化水或者平衡溶液将20%乙醇冲净 ...


多谢!我这次又过DEAE Sephadex,本以为准备的很充分了,用之前用碱酸碱冲洗,不过我是抽滤的,没敢抽干,就是为了加快冲洗的速度(这样会不会对胶破坏?)。用的柱子比较粗,不长,300ml的。不知是不是因为上样浓度太大,上样后胶竟然缩了,上面的滤纸片也歪了,胶和样品混在一起黑呼呼一团一团的。我有拆开柱子把滤纸扶正才像样了。上次用0.3M的盐就洗下来了,这次用0.5M的盐还没下来呢。A280和目的蛋白的特征吸收峰的值都很低。实验还在进行中,我很忐忑的等待1M盐浓度的洗脱结果……
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舞song[使用道具]
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原帖由 ROSE李 于 2013-12-7 21:34 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

呵呵,蛋白纯化还是得多用啊,新填料比老的好一点的。另外DEAE用什么缓冲液得看你样品纯化步骤,现在还有人用高盐上DEAE走流穿,很流行的。呵呵

你所说的高盐上DEAE是怎么回事呢,难道是当分子筛来用吗?
我用pH6.5的PBS做了DEAE的缓冲液。是用小实验验证了下。
另外,上样的量方面有没有什么好的经验呢?我用OD值来换算的,按1ml胶上10个OD计算。不过我因为总怕纯不出来就拼命加大浓度。样品本身有颜色,上样后胶都成黑的了。到目前为止我还没有过一次漂亮的纯化完成,每次都会有很囧的事情发生。
每次上完样用盐洗脱时,0.3M的盐浓度就会让柱子收缩1/3,0.5M盐浓度时要收缩一半。不晓得这是怎么回事。
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ROSE李[使用道具]
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回复 #9 舞song 的帖子

是这样的,不同的离子强度下,填料本身带的电荷与样品的电荷是会一致,这样样品吸附不到填料上,然后样品和杂质就被分开。这个是理想状态,通常实验时候,会形成部分吸附,部分流穿的情况。
上样量方面,建议你用预装柱做个小试,走个饱和上样量。这个的前提是要有精确的检测方法来检测你的目的蛋白和杂蛋白的蛋白量总和。推荐用定量试剂盒。
柱子收缩我也碰到过,基本没什么影响,只是峰比较难看,该收的时候收下来会被稀释。建议你碰到这个问题的时候,用大于工作流速的速度装柱子。不然,就用预装柱来实验。
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