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一般蛋白质都含有二硫键，如果该蛋白含有二硫键，最常用的检测复性是否成功的方法就是非还原情况下进行SDS-PAGE分析，如果有天然结构蛋白标准品，如复性成功则条带会很均一，大小与标准品一致；如果没有标准品，则复性成功的蛋白与变性时蛋白相比SDS-PAGE表观分子量偏小，复性后如含多个条带时一般下带为复性成功条带，可以此为眼进行分离纯化。
用反相HPLC检测复性成功与否是利用蛋白的疏水性质进行判定，由于蛋白折叠和二硫键的差异，变性蛋白与复性蛋白疏水性质会有差别，致使两者保留时间会有差异，可以此来判断复性成功与否，国际通用的胰岛素结构检测就是利用RP-HPLC进行检测的，同时根据RP-HPLC的峰面积还可以判定胰岛素活性高低。
如果想进行系统的检测，可以进行CD分析（比较二级结构）和荧光发射光谱分析（比较三级结构），再加上活性检测，如果复性后上述三个结果与活性标准品一致，则可初步认为复性成功；复性是否成功没有严格的界限，就像包涵体形式蛋白和可溶表达形式蛋白之间没有严格划分标准一样，复性成功后蛋白只能说结构接近于天然活性蛋白，但是仍然会与天然活性蛋白有细微的差别，这也是为什么人们在蛋白结晶分析时一般不用复性后蛋白进行分析的原因。
免疫小鼠是进行抗体制备，这时只要抗原的一级结构正确就可以，无所谓是否复性成功，所以大多数情况下都是用变性蛋白进行动物免疫，因为这个省事省时。
