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标题:【求助】非凝胶的蛋白质组学只能相对定量?

guagua[使用道具]
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发表于 2013-12-19 11:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】非凝胶的蛋白质组学只能相对定量?


非凝胶的蛋白质组学只能相对定量?绝对定量是不是还很不成熟?
通常情况下,生物样品中某个蛋白质与对照组往往只是多和少的关系,而不是有和无的关系,如果蛋白质组学只能相对定量,如何知道某组患者与对照组的某蛋白水平是否有差异呢?如果只能把两组患者的蛋白质混合后检测么?
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wood533[使用道具]
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发表于 2013-12-19 11:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

非凝胶的蛋白质组学只能相对定量?绝对定量是不是还很不成熟?
A：都可以，可以相对也可以绝对，因为胶与非胶的差别只在于是否进行凝胶的分离，其定量原理一样；绝对定量最近出现了MRM技术，有条件的单位还算成熟吧，可以看看Ruedi最新发表的文献。
通常情况下,生物样品中某个蛋白质与对照组往往只是多和少的关系,而不是有和无的关系,如果蛋白质组学只能相对定量,如何知道某组患者与对照组的某蛋白水平是否有差异呢?如果只能把两组患者的蛋白质混合后检测么?
A：一般有或无的信息会丢失；要知道是否有表达量差异不一定要知道绝对量，相对定量有3次重复的数据就可以判断是否有显著性差异；如果要把两组患者的蛋白混合检测，可以用DIGE或者体外标记方法如iTRAQ、ICAT或乙酰化标记。
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发表于 2013-12-19 11:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我很想知道凝胶的蛋白质组学是如何绝对定量的？
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wood533[使用道具]
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发表于 2013-12-19 11:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
现在大多是用基于shotgun的绝对定量，基于胶的貌似很少，但是从原理上因该是能行的通的，不过需要考虑到胶酶切效率、肽段提取效率等等。附件是一个综述，相信对你能有帮助
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wood533[使用道具]
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发表于 2013-12-19 14:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我也觉得基于胶的定量问题很多，最多也算半定量吧
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发表于 2013-12-19 14:27 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大



对，现在几乎都是做shotgun了，然后多做几个生物学重复，达到所谓的饱和（comprehensive），后面在进行定量分析；个人感觉基于胶的定量，误差实在是大，做半定量还凑合/color]
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发表于 2013-12-19 14:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对shotgun不太了解，shotgun的定量和ICAT有什么区别和联系吗？
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wood533[使用道具]
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发表于 2013-12-19 14:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

shotgun是指没有进行预分离，直接酶切后HPLC-MS/MS鉴定；
ICAT是一个体外同位素标签标记蛋白或者肽段的方法；
两者没可比性啊，如果说SILAC跟ICAT那还能比比
如果你是做蛋白质组技术的，那你可以多花点精力看看相关文献，如果你的重点是下游功能实验，这些东西了解一下就行了，不管是什么定量方法，个人感觉都有缺陷
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发表于 2013-12-19 14:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢，就是了解了解。
这么说来shotgun定量应该还是比较准确。不过这样的话，切出的所有大量片段全部过HPLC，之后再串联，工作量和花费都应该挺高的吧。另外可能挑选出真正的有意义的低丰度蛋白上可能还是要费些力气的。
ICAT是同位素标签，之前也看到有人好像用在组学上来做定量的，我不太懂，随便说说
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vivian4123[使用道具]
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发表于 2013-12-19 14:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
好像ICAT只能用shotgun中吧,因为标记半胱氨酸的SH上面以后要进行酶切，所以这是一种shotgun.其实现在还有一种定量方法叫label free的spectra count的定量方法
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