小中大研宄DNA、蛋白质惯性、惯性质量表观的科学
表观遗传现象包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等。与经典遗传学以研究基因序列影响生物学功能为核心相比,表观遗传学主要研究这些“表观遗传现象”的建立和维持的机制。如果把分子遗传学基因序列比作为物质核心,那么表观遗传学就是建立在序列核心表观上的遗传科学现象。这种现象看起来好象十分熟悉,似曾在哪里所相识?物理具有简单性重复性现象。基因物质具有序列结构与表观功能结构,它不会是物质质量概念在生物中的发展吧。从物理学上我们可以看到,质量概念的形成和发展经历了两大时期:“牛顿时期”和“爱因斯坦时期”。总的来看。它的发展是与物理学整个学科的发展同步的。物理学科知识内容的大发展也伴随着质量概念的发展。现代物理学(在微观原子夸克禁闭,宏观宇宙时间、空间无法量子化)上遇到了麻烦,物理学正处于徘徊不定时期。物理学知识的相对稳定时期质量概念也相对稳定?现在看来物理学他并没有停止不前,他正以另一种途径生物物理形式而向分子表观遗传学迈进。
揭示建立DNA质量概念还是要从DNA甲基化修饰机制说起
DNA甲基化是一种重要的遗传外修饰,是表观遗传学的重要组成部分。它参与了动物胚胎发育、基因印迹和X染色体失活等过程,在基因表达的调控中起着重要作用。异常甲基化可以导致肿瘤的形成,DNA甲基化与组蛋白去乙酰化协同调节了基因的表达,探讨甲基化形成机制,揭示表观遗传学基础意义重大。研究甲基化的方法之多,甲基化研究难度大,这些方法都存在着一定的限制。面对具体问题,选择最合适的解决方法因此就显得尤为重要。要搞清楚DNA甲基化诱导基因沉默的因素与参入调节基因表达修饰机制,单靠表观遗传学研究提供一些新的思路是不够的,这还得依靠整个物理科学的力量来共同处理甲基化行为。
在自然界中,金属和非金属元素也同样具有甲基化行为,是环境中一个重要的生物转化机制。汞的生物甲基化就是金属汞和二价离子汞等无机汞在生物特别是微生物的作用下转化成甲基汞与二甲基汞。其转化机理主要有酶促反应和非酶促反应两种。其他许多金属如铅、锡、铂、铊和金以及类金属砷、锡、锑和硫都能被甲基化。这样看来甲基化并非DNA特有专利,而是自然界物质普遍规律。DNA甲基化是在DNA甲基转移酶 的作用下,以S—腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体,可以将甲基基团转移到基因组DNA胞嘧啶第 5位碳原子(C5)上。在哺乳动物中,C5的甲基化主要发生在CpG二核苷酸上。DNMTl主要起维持甲基化作用,DNMT3a和DNMT3b则以从头甲基化为主。基因敲除实验显示,它们的缺失都是致死性的。简单的看甲基化行为其实就是在现有物质的分子特定位置上去掉一个氢,接上一个甲基CH3。以金属汞为例,汞元素原子量200.6 ,甲基钴氨素中的甲基是活性基团,易被亲电子的汞离子夺取而形成甲基汞,形成分子量为215.63 甲基汞,分子质量增加产生了巨毒性的甲基汞。DNA甲基化其实也很简单,胞嘧啶C的第五位碳原子上加一甲基基团,使之变成 5甲基胞嘧啶 (5mC)的化学修饰过程,胞嘧啶分子量为 111.10 5,形成甲基胞嘧啶分子量为125.13 ,DNA甲基化修饰成因无论多么复杂,甲基化修饰实际上就是分子动态质量发生变化。
甲基化修饰可以使质量发生增加,这使问题的研究更加趋向于广泛化。DNA甲基化修饰使人们发现基因序列结构引力场质量外还存在着一种阻碍物体运动状态改变的质量因素,这就使得基因质量概念有可能也有必要从原来基因质量概念中分离出来(原分子生物学基因质量等于DNA分子序列碱基质量之和)。现在表观遗传学甲基化修饰动态质量发生增加,使原来的较固定的质量概念被打破。从而发展为现代意义的“相对”的质量概念。这是分子生物学发展被动的一面。即表观科学发展促使分子遗传学基因质量概念的发展。另一方面表观质量概念的建立和发展也对科学的发展起了积极的作用。这与牛顿建立明晰的质量概念与爱因斯坦“相对”的质量概念的发展是分不开的。牛顿提出的质量的绝对不变性在较长的一段时间内是正确无疑的,因为那时的科学发展状况还不可能提供打破质量绝对不变性的条件。例如还不可能使物体加速到近光速运动等。这与现代分子生物学基因质量概念发展相当吻合,DNA结构模型建立标志着分子生物学的发展,它只能代表原核生物时代,DNA序列碱基质量的绝对不变性在较长的一段时间内也是正确无疑的,然而当真核生物,表观遗传物质与环境之间发生相互作用,使物体加速到近光速运动时所发生DNA甲基化修饰至使动质量增加,这才能打破原来的较固定的DNA结构模型质量概念,进而发展了爱因斯坦“相对”质量概念,建立起表观遗传学高能生物物理一惯性质量概念,即表观科学发展促进了物理质量概念真正的发展。
表观DNA模型揭示DNA质量等于DNA序列引力质量与甲基化惯性质量是对表观遗传学的笫一大贡献
日常经验表明,物体的引力质量愈大,它的惯性质量也就愈大,非常精密的实验证明,任何物体的惯性质量同它的引力质量严格地成正比例.假如我们选择适当的单位,就可以使物体的引力质量的数值等于它的惯性质量的数值,即m引=m惯.这样我们能不能说,物体的引力质量就是它的惯性质量呢?问得更明确些,惯性质量是否就是引力场的源泉呢?当然不是.惯性质量是物体抵抗外力改变其机械运动状态的本领,引力场的源泉是物体产生引力场的本领,这是物体两种完全不同的属性,绝不能混为一谈.这里引起了一个值得思索的问题:在物理中惯性质量和引力质量又是如何表示的呢?物理它无法表示,爱因斯坦只能非常生动地说:“地球以重力吸引石头而对其惯性质量毫无所知.地球的‘召唤’力与引力质量有关,而石头所‘回答’的运动则与惯性质量有关。21世纪分子生物学的发展就不同了,表观遗传学理想模型发展明确指出了什么基因物质的引力质量,惯性质量以及产生他们的根源。