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标题:【求助】双向电泳2D的问题---蛋白点为啥总是集中在正极端

sistis[使用道具]
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【求助】双向电泳2D的问题---蛋白点为啥总是集中在正极端


各位能否分析一下我的问题
我做的是线虫的体表蛋白
蛋白是用pbs+urea+chaps+thiourea提取的
抽提过程如下:
1 PBS冲洗样品
2 加液氮碾磨10分钟
3 加入抽提buffer(5M Urea,2M Thiourea,2% Chaps溶于PBS中)
4 加混合的蛋白酶抑制剂
5 于4°C中,incubate 1.5h
6 100,000*g离心 30min,取上清,即为抽提的蛋白溶液,浓度大概是1000ug/ ml
在2D上样以前我用cleaning up kit 处理了样品
7cm 的胶条,水化时上样 第一向用的是GE的Ettan IPGphor
条件如下
1 被动水化 14hrs
2 300V 30min step&hold
3 1000V 30min gradient
4 5000V 90min gradient
5 5000V 30min step&hold
Total 6.5kVh
水化液的配方
7M Urea; 2M Thiourea; 2% Chaps; 0.5% IPG buffer; 0.002% Bromophenol blue; 18mM DTT(上样前加)
双向电泳后发现蛋白点都集中在了正极(酸性一侧),因为现在的实验室没有做2D的经验,自己摸索了很久还是不得其解,请大家帮忙分析一下,非常谢谢。


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另一张查不多的图如下


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你做的什么线虫啊,蛋白质用的什么方法提取的?

还有什么叫线虫的体表蛋白?
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我做的是蛔虫
蛋白是用pbs+urea+chaps+thiourea提取的
体表蛋白就是cuticle的蛋白,不知道中文怎么翻译,呵呵自己翻译的“体表蛋白”
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huifeng0516[使用道具]
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你加了pbs,后面脱盐效果怎么样?
如果已有其他人做过蛔虫,是直接参考了别人的文献了吗?
另外最好把提取步骤说的更详细一点,是不是液氮研磨,以及抽提后离心的参数等等,总之说的越详细越好分析,光看图的话样品里面杂质不少。至于后面双向的条件都是非常成熟的步骤,关键还是蛋白抽提。
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QUOTE:
原帖由 huifeng0516 于 2013-12-19 14:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你加了pbs,后面脱盐效果怎么样?
如果已有其他人做过蛔虫,是直接参考了别人的文献了吗?
另外最好把提取步骤说的更详细一点,是不是液氮研磨,以及抽提后离心的参数等等,总之说的越详细越好分析,光看图的话样品里面杂质不少。至 ...

谢谢你的回复
参考了相关的文献,改进了一下选用的抽提,多加了2%的Chaps。
使用液氮研磨,然后incubate1,5小时。
在2D上样以前我用cleaning up kit 处理了样品。我感觉杂质应该不会太多吧。
现在就是感觉那些蛋白点都集中在正极端,不太可能那些蛋白的PI都查不多吧
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huifeng0516[使用道具]
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不要加pbs,直接提取,或者试一下酚法抽提蛋白,cleaning up kit 这个试剂盒不到万不得已不要用,有时候只能添乱。
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本人是第一次接触2D,现在加入的实验室也没有相关的经验,还请有经验的您多多指点!
您提到不要用PBS来抽提,能解释一下理由吗?因为我参考的外文文献上,日本的学者使用的PBS抽提,但他们的2D电泳图跑出来的很漂亮啊,没有出现我的图里面的蛋白点集中在很窄的pH范围里。
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huifeng0516[使用道具]
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你还是把你整个抽提步骤写下来,不然真的不好分析,越详细越好
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抽提过程如下:
1 PBS冲洗样品
2 加液氮碾磨10分钟
3 加入抽提buffer(5M Urea,2M Thiourea,2% Chaps溶于PBS中)
4 加混合的蛋白酶抑制剂
5 于4°C中,incubate 1.5h
6 100,000*g离心 30min,取上清,即为抽提的蛋白溶液,浓度大概是1000ug/ ml
谢谢指点!
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