【求助】自然群体演化的遗传模拟

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标题:【求助】自然群体演化的遗传模拟

luoliqiong[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:13 资料个人空间短消息加为好友

小中大

小弟是新手，专业是动物数量遗传学，具体研究方向是全基因组关联分析。现在我要验证一下根据全基因组范围的标记，用贝叶斯方法估计动物育种值的结果，但是却对模拟自然群体无从下手，哪位大虾能否指点一二？非常感谢

luoliqiong[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:14 资料个人空间短消息加为好友

小中大

补充一下，需要模拟的群体是理想群体，目的是希望群体中突变和漂变能达到平衡

北国毛毛雪[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:14 资料个人空间短消息加为好友

小中大

没看懂，你对Ne有什么问题？

取值还是计算？

luoliqiong[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:14 资料个人空间短消息加为好友

小中大

这是文章中提到的一个模拟，他用了一个有效大小为100的群体，设置了染色体长度标记密度、标记和QTL位点的突变率等参数，然后在随机交配模型下经过1000代进化，期望达到突变和漂变的平衡状态然后利用1002和1003代扩群后的群体进行基因组选择。我的问题就是对这个群体演化过程的模拟搞不懂，想自己试着自己实现，却无从下手

北国毛毛雪[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:15 资料个人空间短消息加为好友

小中大

模拟一般用这个公式

r2=1/(a+4Nec)

where a= 1 in the absence of mutation,a=2 if mutation is taken,c为摩尔根

generation=1/2c

Ne为有效群体

luoliqiong[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:15 资料个人空间短消息加为好友

小中大

不是很明白，能稍微详细介绍一下么？或是推荐一下关于这方面的资料？谢谢

北国毛毛雪[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:15 资料个人空间短消息加为好友

小中大

比如荷斯坦牛，假设1000代以前是纯合子，有效群体是100

通过有效群体，用我前面提到的公式，你就可以知道LD，和Recombination rate。

用常规程序就可以模拟random mate1000代以后，

开始从全基因组角度选育

luoliqiong[使用道具]
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发表于 2013-12-20 20:16 资料个人空间短消息加为好友

小中大

好的，非常感谢！！！