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标题:【求助】如何作图带有跨膜结构域的离子通道蛋白结构...

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【求助】如何作图带有跨膜结构域的离子通道蛋白结构...

常常看到国外文章有离子通道蛋白结构示意图,自己现在的研究涉及这一块内容,可是对下面这些最基本的东西却一点概念都没有。求问医学遗传学国家重点实验室的好几个人,包括专门做蛋白相关功能的同学,居然没有一个人知道(反倒说如果我弄清楚,也告诉教他们一下),有中科院研究离子通道的老师来讲座,想着是个请教解答的好就会,可是他因为专业细化,也不熟悉这个问题。
悲哀啊,身边竟然找不到个人可问。难道就非得请教国外文章作者吗?
特在此请教(看了DXY的版块也实在不知道往哪个版块发帖),请了解的前辈能指点:
1、一个离子通道蛋白,从N端到C端,查询哪个数据库可以知道从哪个氨基酸到哪个氨基酸是哪个Domain?那段跨膜?那段是胞内段/胞外段链接区?
SMART等都是预测蛋白结构域。但如果是结构域、蛋白晶体已很明了的已知蛋白,到哪个数据库去查询呢?
2、像下面所附图,是否有现成数据库可以直接查询输出?
如果没有现成数据库,那么:用什么软件来画出?有没有专用的离子通道蛋白结构示意图作图软件?(PhotoShop等大众化画图软件慢慢折腾应该也能画出,但直觉告诉我们,国外作者应该不是用的它)


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1、一个离子通道蛋白,从N端到C端,查询哪个数据库可以知道从哪个氨基酸到哪个氨基酸是哪个Domain?***What do you mean by 'domain' here? How do you know it is an iron channel? I mean by experiment or by prediction? I guess it is the latter. Then it should match with some known structure (homologues). 那段跨膜?*** The transmembrane domain can be predicted by many Topology prediction software, like TMHMM2.0. 那段是胞内段/胞外段链接区?** Also by TMHMM or equivalent programs. But again this is only PREDICTION.
SMART等都是预测蛋白结构域。但如果是结构域、蛋白晶体已很明了的已知蛋白,到哪个数据库去查询呢? *** What do you mean? Known structures can be searched at cuturl('www.pdb.org.') Membrane protein structure can be searched at a database specific for membrane proteins. cuturl('www.mpdb.ul.ie')
2、像下面所附图,是否有现成数据库可以直接查询输出?
如果没有现成数据库,那么:用什么软件来画出?有没有专用的离子通道蛋白结构示意图作图软件?(PhotoShop等大众化画图软件慢慢折腾应该也能画出,但直觉告诉我们,国外作者应该不是用的它)
Search for topology map drawing. I can not remember the site now but I have seen one. You can generate a 'snake' like map but not something like you cited above. If you go to the paper and if it did not tell you what program was used, it is likely the map is generated by something like microsoft powpoint, i.e., not something complicated.
Sorry about the English... Only machine I can use at this moment...
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amberly, thank you for your reply. You have a good command of English.
Domain means 结构域 in Chinese, which is commponent of transmembrane channel structure as to ion channel protein.
The protein I am concerned with is one of sodium channel ones, surely belonging to ion channel family. And its function and crystal strunture are all well known, not needed to make prediction any more.
Topology of proteins can tell us their spatial structures, but can't supply the information on its transmembrane configuration with respect to channel forming.
Thanks for telling me websites cuturl('www.pdb.org') and cuturl('www.mpdb.ul.ie.') I used them to perform my searching. However, cuturl('www.pdb.org') gives only result of topology of protein, while cuturl('www.mpdb.ul.ie') gives no records.
The picture I pasted above was captured from the protein's whole illustration, i.e. it's only a part of it, much more complicated. Therefor, Powerpoint of MS Office and the like are not capable of performing the task.
More answers are expected to solute the problem.
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QUOTE:
原帖由 算盘阿星 于 2013-12-21 09:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

amberly, thank you for your reply. You have a good command of English.
Domain means 结构域 in Chinese, which is commponent of transmembrane channel structure as to ion channel protein.
The protein I  ...

Thanks.. I have not figured out the problem with the new Ubuntu so I can still only type English. Sorry
Yes I know what 'domain' means but not sure what you meant here.
I get lost by reading the whole post now. It seems that you want to know a way to draw a cartoon representing a known structure?
I have not done that myself but I am sure the Powerpoint can do such a drawing cited above. It just shows the number of hilices, the disulf bond, the loops and the membrane (lipid bilayer).
If you want to generate a more acurate picture you may consider using pymol. It is free and you can make it in a way that simplify everything (side chain, for example), because the pdb id is available.
I guess you won't need the following information since it is a solved structure. But I still put them for your information
cuturl('http://blanco.biomol.uci.edu/mptopo/')
cuturl('http://blanco.biomol.uci.edu/mpex/')
cuturl('http://icb.med.cornell.edu/crt/RbDe/RbDe.html')
By the way what is the protein?
Have fun
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无聊人报到,你猜猜我用啥画的?


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如果你有这个蛋白质的 PDB code ,可以用 Pymol 画一个真正的图。
但是我感觉你贴出来的图 不像是 Pymol 画出来的,哪儿去找那么规规矩矩立正的4 个membrane a-helics ,所以我觉得它只是一个示意图。
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If you want to generate a more acurate picture you may consider using pymol. It is free and you can make it in a way that simplify everything (side chain, for example), because the pdb id is available.
By the way what is the protein?



相关疾病:
电击伤

(不好意思,我是做临床的,对生物医学的基础理论、database等的东西知道的很有限。可能问的问题有些很初级,让行家们见笑了)
谢谢amberly版主的回复。
1、我想要画的是一个已知蛋白:人类的电压门控钠离子通道蛋白SCN1A (Sodium channel protein type 1 subunit alpha),附图是国外综述文献上对这个通道蛋白的示意图,我就是想弄明白:这样的示意图他们到底是怎么create出来的?!
2、在UniProt上查这个蛋白编号,UniProtKB/Swiss-Prot P35498 (SCN1A_HUMAN),可是PDB数据库用SCN1A或者Sodium channel protein type 1 subunit alpha作为Keyword来搜,搜索出来的净是些毫不相关的东西啊?这个数据库要怎么搜啊?SCN1A这个蛋白的PDB ID在哪里找?
3、此外我们都注意到,国外文献关于信号转导、信号通路,常有非常复杂精美的示意图,我不知道是不是用类似软件画出来的?如果是,那么以后在自己的文章上也可以自己作图了。
4、搜找了一下pymol,主页是不是cuturl('http://www.pymol.org/')? 好像是要付费的啊!点击Download没有反应。amberly版主如果有的话可否分享一份?


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这个是信号转导通路的图片。文献上还有比这更复杂的,我暂时没有时间去找个例子,先帖个“简单点”的,但这样的还不算太复杂的图,已经让我们叹为观止了。很想知道这样的图又是怎样作出来的?是不是用和画离子通道、膜蛋白示意图类似的软件来完成???难道有专门的生物应用软件?


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输入法搞定,爽
1. pymol。 果然关闭了下载!传言软件的继续发展受阻因为没有经费,是不是开始要收费了?但网站上没看到。有的服务器自己保留了文件,比如这里: cuturl('http://download.cnet.com/PyMOL/3000-2054_4-10914845.html')
我刚试了,下载没问题。
2. “我想要画的是一个已知蛋白:人类的电压门控钠离子通道蛋白SCN1A (Sodium channel protein type 1 subunit alpha),附图是国外综述文献上对这个通道蛋白的示意图,我就是想弄明白:这样的示意图他们到底是怎么create出来的?!”
你要首先明白你要画一个图的目的是干什么。不要因为仅仅漂亮你就要画。你想要展示什么,说明什么。如果是想表现蛋白的大概结构,而不想把问题复杂化,也就是说只要给读者看有几个跨膜区,那些地方是活性位点,哪些地方形成二硫键,那就像你第一个图就好了。如果是要详细阐述活性中心,如何转运钠离子,那可能pymol更好。第二个图像是杂志封面,或者是综述中的东西。展示四聚体(?)如何在生物膜中组装。这样的图应该要有专业软件才行。第三个图用PPT应该可以搞定。第四个像教科书了,肯定要专门的美工。看看这张图,bbcodeurl('http://images.google.ie/imgres?imgurl=http://pubs.acs.org/appl/literatum/publisher/achs/journals/covergifs/cgdefu/2008/cgdefu.2008.8.issue-12/cover.jpg', '%s')&imgrefurl=http://pubs.acs.org/toc/cgdefu/8/12&usg=__vUDCm5ckokOhVSUGRosMe-u8SeY=&h=152&w=115&sz=45&hl=en&start=17&um=1&tbnid=uXVhUZeES78FHM:&tbnh=96&tbnw=73&prev=/images%3Fq%3Dmartin%2Bcaffrey%2Blamellar%2Bphase%26hl%3Den%26client%3Dfirefox-a%26rls%3Dorg.mozilla:en-GB:official%26sa%3DN%26um%3D1
花了几千美元哦
3. 关于杂志发表的用图,记得论文版以前有相关帖子,应该也有提到过软件,你搜一下!
4. 关于Uniprot的问题:据我所知目前没有软件能够根据你的序列给一个如图二所示的东西。因为个人胃口不一样,软件不知道你要显示什么。
一句话总结一下,
你显示的这些图,是art,不是science!所以要用art的方式解决!
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