表观遗传学

从phenotype和genotype这两个层面来讨论，前者是可测度的指标，在这个层面上显性基因和隐性基因的含义和区别一目了然；但是如果从基因水平去讨论的话，能够表达出正常功能蛋白质的就是显性，而如果由于突变等原因导致表达的蛋白质生物功能散失，就是隐性基因。如果这样看的话，显性/隐性是否可以相互转化？完全用功能来裁定一个基因是显性还是隐性是否有失公正？况且功能的存在或丧失不完全是“all or none”的关系哦。

对遗传学知识不多，也想借此抛砖引玉。phenotype 是否是指一个整体的“性状”，而不是指单独一个蛋白的功能的？只用基因来衡量蛋白的功能确实不能解决问题，一个基因因为转录后，甚至翻译后的剪切，还有 dominant negative 这样的非功能个体存在，不同的 splicing 产物更不用说了。

其实这完全是对概念的理解。显性基因和隐性基因 传统上讲主要还是从整体上看的，从phenotype上来看的。天天想将其引入基因水平上来看未尝不可，但要注意的是有无必要？是否合适？



但是如果从基因水平去讨论的话，能够表达出正常功能蛋白质的就是显性， 这句话不妥。何为正常功能蛋白质？事实上，很多基因都会翻译成蛋白质，只是其表达受到时空调控，而这些基因既然存在，就会有其生理意义（即正常功能）。如果从基因表达调控的角度来讲，同一个基因在这个组织表达出蛋白质（显性？）、而在另一个组织中不表达（隐性？）但这种显性和隐性之间显然是可以相互转换的。

看来显性和隐性的定义都应该注意整体，不能够从基因水平去讨论，否则会失去意义。



但是现在就产生了又一个问题，就是这个“整体”到底是如何界定的？在动植物界，黄圆/绿皱，红眼/白眼是phenotype的体现，但是在人类遗传疾病中，phenotype如果说表现为患者的临床症状，似乎也不完善。临床症状算phenotype，镜下组织学改变算不算phenotype？病理学改变呢？各种生化指标呢？这样就产生了矛盾，症状的phenotype可能是不同的，但组织学改变又是类似的，比如进行性肌营养不良，根据临床症状的不同，肌肉萎缩的部位不同，发病急缓和病程迁延程度不同，分为很多类型，如：DMD/BMD/EDMD/LGMD……，但是组织学改变又都表现为肌细胞坏死/增生，脂肪/纤维结缔组织增生，炎细胞浸润等很多类似的变化……这个矛盾如何解决呢？

很多小的方面是contribute to phenotype，如果反过来把 phenotype 用在这些小的方面就不合适了。

就像2楼说的那样，显隐性是就某一性状来说的：比如孟德尔豌豆实验中，红花相对于白花来说是显性的，控制花色的这一对等位基因另外还控制其他的一些性状，如叶掖的斑点。但另外的这些性状并不明显，对于这些性状来说，也许就不是红花或白花那样典型的显隐性关系了。

等位基因的显隐性关系也是相对的，若某一基因座位有多对等位基因，那么，有可能会出现某一等位基因相对于另一等位基因是显性的，但相对于第三个等位基因又变成隐性的了。另外，还有不完全显性、共显性等现象。

就单基因遗传病来说，也有显性遗传病和隐性遗传病之分：显性遗传病指疾病基因的纯合子和杂合子个体都发病；隐性遗传病指疾病基因纯合子发病，杂合子不发病。

我对遗传病知道得很少，不知道天天所说的这些遗传病是否都是同一基因座位上基因的不同突变导致的。但就我对普通遗传学的理解，我认为，只有对于同一基因座位才有显隐性之说。也只有单基因病才有显性或隐性遗传病的说法；多基因病由于牵涉到多对微效的基因的累积作用，并且发病是一个宏观上的表征，所以无法就其中的一个基因座位说它对于该病的发病是显性或隐性。

另外，我认为只要是能看到的（不管肉眼看到还是镜下看到的）形态学的特征和能检测到的生理生化指标，都可以叫做phenotype。但是，就如天天和楚兄说的那样，把每一微小的特征与基因一一对应起来，是否有必要？是否有“只见树木不见森林”之嫌？因为我们说phenotype是与genotype一起来考察的。

土人愚见，请大家指正

但 把每一微小的特征与基因一一对应起来，是否有必要？是否有“只见树木不见森林”之嫌 这个就不好说了。据我所知，现在就有做这个的，称为“表型库”或者“表型谱“，也有与genome基因组相对，称之为”表型组“phenotypome的。将与某个基因相关的所有的表型，如土人兄所说，即只要是能看到的（不管肉眼看到还是镜下看到的）形态学的特征和能检测到的生理生化指标），归纳总结成表型库，希望能全面、系统的研究基因和表型的相关性。

惭愧，这我倒是没听说过。

不过，我觉得那些细微的“表型”错综复杂，有些是多对微效基因累积，再加上环境共同作用的结果，所以可能没办法与基因一一对应。我觉得，我们通常所说的某一个基因的表型，好像都是一个宏观上的概念吧。不知我的理解对不对？



当然，要是能把某一个基因研究到与一表型对应起来，那就更好了，那就使得该基因的功能一目了然。目前生物学研究的趋势就是从宏观到微观，再到宏观。也就是说，我们从某一生物现象（宏观）着手，来找出其相关的基因，从分子水平研究某一基因或蛋白，研究分子的结构（微观），再看它对细胞或整个生物个体的作用（宏观），这才是一个完整的研究体系。

目前生物学研究的趋势就是从宏观到微观，再到宏观。也就是说，我们从某一生物现象（宏观）着手，来找出其相关的基因，从分子水平研究某一基因或蛋白，研究分子的结构（微观），再看它对细胞或整个生物个体的作用（宏观），这才是一个完整的研究体系。





然！



我觉得那些细微的“表型”错综复杂，有些是多对微效基因累积，再加上环境共同作用的结果，所以可能没办法与基因一一对应。我觉得，我们通常所说的某一个基因的表型，好像都是一个宏观上的概念吧。不知我的理解对不对？

我觉得，我们通常所说的某一个基因的表型，好像都是一个宏观上的概念吧。



我也是这样认为的，这可能就需要用到数学、控制学、非线性理论等物理学的多个学科交叉，简化变量、建立理论模型来研究。难度大，而且取得的结果也不一定合适实际情况。但有难度并不代表就不做，有很多人也在尝试这个，即使是不成熟或失败或错误的结果也还是朝着这个方向的一种努力，还是有意义的。

呵呵，有点跑题了，但关于还原论和整体论（微观和宏观）的讨论也很有意思，想讨论的话我们可以新开话题。



我所关心的问题，就是当phenotype在不同层面发生矛盾该如何理解的问题，比如肌营养不良是一组疾病，都是单基因突变疾病，在临床症状层面，不同的类型有很多不同点，而且不同点很大；但在组织学层面，又都很相似，似乎不能用“细微的表型”、“微效基因”和环境来加以概括。



我的理解是组织学层面的phenotype应该是和发病机制相关的，应该是可信的，临床症状层面的phenotype（发病时间/损伤部位/严重程度）的显著差异不太好解释，还是糊涂。