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是个好问题。
这个现象在离子交换实际操作中一直是存在的，包括阴离子的DEAE、Q和阳离子的CM、SP。
但没有那本书中详细的讲过这个问题，只是说要充分平衡。
不仅是平衡时的pH，而且在用盐洗脱时也常常伴随着pH的波动。
我也思考过，不能完全解释。
觉得这些pH的变换至少和缓冲液的电离平衡、凝胶配基的电离平衡、溶液的扩散作用、pH计检测时的盐离子效应、蛋白质的两性等等相关。因素较多，想不过来了。
例如：Q柱在用NaCl、NaOH溶液再生处理后，用pH7.5中性的缓冲液去平衡，其pH曲线是先缓慢下降，然后快速下降至平衡缓冲液的pH7.5以下，或许是pH6.5，然后再慢慢回升到pH7.5，完成柱的平衡过程。
在用盐洗脱蛋白质时有一个pH挖坑的过程，先下降，回升超过缓冲液pH，再缓慢回复到正常。
据我的经验，长时间的平衡液洗柱，平衡肯定是可以达到的。一般强的Q、SP柱平衡要快些，弱的DEAE、CM要慢些。对常使用的20mM浓度的平衡缓冲液，Q、SP柱一般使用8-10个柱体积左右就差不多了。
