【求助】】双向图求助

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标题:【求助】】双向图求助

huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:46 资料个人空间短消息加为好友

小中大

水稻根部蛋白质双向电泳图。TCA－丙酮提取法提取；10000V，60000VHS；10％的凝胶；银染。
从左到右3－10NL，问题有：酸性端模糊。

附件

2014-1-19 11:46

61517851.jpg (21.24 KB)

newway[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:46 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼上所举出来的这张图像上的酸性端模糊是植物蛋白提取物双向电泳中非常常见的情况，dingluren战友自己也是此种高手自然也是知道的，所以在TCA－丙酮提取蛋白之后出现这种情况是很少见的。我现在所能想到的解释是，帮dingluren战友制备样本的人是不是偷懒了没有沉淀就裂解了？
附一张比较图：
这3张图是来自于植物蛋白提取物在不同的处理方式之下所跑出的2D图谱，a图是没有经过沉淀的植物蛋白粗分直接用裂解液溶解后得到的2D图谱（w/o =without）大家可以看到，由于植物蛋白中的杂质比较多，所以背景很深，这个情况在做水稻和拟南芥等样本的时候常常能够遇到。b图是经过甲醇沉淀的样本，大家可以看出背景有一定的减弱， c图是经过TCA-丙酮沉淀的样本所跑出的2D，蛋白质点展现最佳

附件

2014-1-19 11:46

58337202.snap.jpg (22.2 KB)

ero11[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:47 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我的实验也碰到这种情况，和楼主的情况基本一致，界线很清楚啊。小鼠肝脏样品是经过clean-up试剂盒处理过的。所以我想版主的解释可能只是原因之一。

huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:47 资料个人空间短消息加为好友

小中大

回复 #3 ero11 的帖子

其实我也是新手了啊，呵呵，这样起个题目是为了吸引真正的高手进来帮忙了啊。呵呵
看来目的达到了。
我想知道怎么能解决这个问题呢？
现在这张图只有900多个蛋白点，不知是否能用于分析及发表论文？是否继续纠缠于胶图的完美是没多大的意义的事情了？

ero11[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:48 资料个人空间短消息加为好友

小中大

不知道楼主的问题解决了没有，目前纠缠于胶图的完美自然是意义不大，不过像明显的酸性端杂质干扰还是尽量要避免。虽然楼主也出现过类似的样本，但是不是植物样本的话，参考意义不大，可能是其他的杂质（比如说组织中有血清）来影响的酸性端。

P.S.你的图还有一个问题，就是扫描用的系统似乎是COOL CCD照出来的，这样的胶图分辨率和清晰度很差，最好还是用透射式扫描仪来扫胶。

huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-1-19 11:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大