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标题:【求助】O-糖基化有没有什么去糖基化酶可以用来去...

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【求助】O-糖基化有没有什么去糖基化酶可以用来去...

我用毕赤酵母表达的蛋白跑非变性电泳的时候出现多条带,变性电泳的时候条带满宽
怀疑是糖基化,但是序列上没有N-糖基化位点,文献上也有报道说我的蛋白在酿酒酵母中表达会有O-糖基化
我想通过去糖基化实验证明一下,但是不知道有没有什么酶可以用来O-糖基化的去糖基化?
另外如果在表达培养的时候加入糖链合成抑制剂的话,应该选择哪一种糖链合成抑制剂?
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跑非变性电泳的时候出现多条带,我怀疑是由于聚体导致的;
变性电泳的时候条带满宽,我怀疑样品离子强度太大所致;
糖基化蛋白SDS-PAGE电泳结果应该会比理论分子量大,也就是说条带位置会比正常位置偏高。单凭这两点,应该不能确定是否糖基化,请用糖染鉴定一下。个人意见,仅供参考
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另外,O-糖基化可用sigma公司的O-糖苷酶去除。
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你所说的糖染是怎么做的呢?
因为之前我们实验室用同样的系统表达了另外一种蛋白,也出现过非变性电泳双条带现象,软件预测到有N-糖基化位点,后来实验证明是由于糖基化不均一导致的,
所以我优先考虑的是糖基化引起的,但是我的蛋白上没有N-糖基化位点,但查到文献上说我的蛋白在酿酒酵母表达的时候出现了O-糖基化。
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5
 

Protocol for PAS staining of Glycoproteins
(Modified.Apr.2004)
Materials
1. Reagent A:400ml methanol,70ml acetic acid,530ml destilled water.
2. Reagent B:75ml acetic acid,925ml destilled water.
3. 1% periodic acid in 7.5% acetic acid in distilled water.
4. Schiff's reagent
a) 1.0 gm of basic fuchsin was dissolved in 200 ml of boiling distilled water, stirred for 5 min and cooled to 5°C and filtered.
b) To the filtrate 20.0 ml of 1N HCl was added, cooled to 20°C before adding 1.0 gm of sodium or potassium metabisulphate. This solution was kept in dark for 12-24 hr.
c) 2.0 gm of activated charcoal was added and mixed for 1 min, filtered and stored at room temperature. 5.0 ml of 2 N HCl was added. An aliquot should not turn red when dried on slide, the reagent discarded when turned pink.
5. 0.5% of sodium metabisulphate in 0.1 N HCl.
Procedure
1. Perform SDS-PAGE in slab gels.After the run, the gel was washed continuously with Reagent A overnight. (This step leaches out the SDS)
2. The solution was changed and the elution continued for 8 hr or the gel was put in 7.5% acetic acid and kept in RT for 1 hr.
3. The gel was transferred to a tank containing 1% periodic acid, kept immersed for 1 hr in dark at 4°C.
4. The gel was washed in 7.5% acetic acid for 10 min and the washing repeated 6 times. (This amber color will fade as iodide is formed from iodine in approximately 1hr)
5. After washing the gel was incubated in Schiff's reagent at 4°C in dark for 1 hr, washed in 0.5% sodium metabisulphate. (Staining with Schiff’s reagent is performed by submersing the gel in this solution and allowing the pink color to develop in the dark on ice.It is possible to leave the sample at this point in a dark cold room overnight to examine in the morning.Color development is gradual,and stained bands are stable for serveral days)
6. The gel was preserved in 7.5% acetic acid.
Reference:
1. Craig Gerard.purification of glycoprotein.Methods in enzyme.1990,Vol.182.529-39.
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如果是由于聚体导致的,在电泳图上聚体与非聚体的距离会不会差很大呢
这是我的电泳图,请帮我分析分析
我是用变性缓冲液和非变性缓冲液分别处理样品然后跑SDS-PAGE的结果,根据变性处理的结果条带的位置大小是对的。


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你早上图就好了,那我之前针对你的描述有误
从你图上的情况看,应该是蛋白不均一造成的,这就有两种可能:一种就是糖基化现象,另一种就是被外肽酶降解了C-末端或N-末端几个氨基酸所致,这个就是要拿蛋白去做氨基酸测序鉴定了。我建议你还是先糖染试试,另外可以从O糖基化数据库查一下你的蛋白是否有潜在的O糖基化位点,毕竟酵母里出现O糖基化的现象很少见,但也不排除。
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能给一个O-糖基化的数据库的连接吗?
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再问一下:糖染的灵敏度怎样,我的意思是如果糖基化的程度不高的话,会不会识别不了。
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我也遇到类似现象。不过我的就跑非变性胶都可看到两个条带,两个条带都做了指纹图谱,为我的目标蛋白。。。困惑中
糖基化预测网站如下
cuturl('http://www.expasy.org/tools/')
里边很多工具,自己找找
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