【求助】一级质谱二级质谱阴性阳性？？

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标题:【求助】一级质谱二级质谱阴性阳性？？

remonte[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:16 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我的蛋白经2-DE后，把差异蛋白送到公司打质谱，第一次做了一级，只有55%阳性，我又让公司把二级做了，公司说有70%阳性。我核对了结果，同样一个点一级和二级搜索结果不一致，还有同一个点，一级是阳性，二级结果又不是阳性了，也有一级是阴性，二级又是阳性了！请问这些情况正常吗？如果同一个点一级是阳性，二级是阴性，结果到底算阴性还是阳性？

youyou99[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:18 资料个人空间短消息加为好友

小中大

你说的阳性和阴性是什么意思？指蛋白鉴定成功与否吗？如果是这样的话那你的结果70%的可靠性是非常不可靠的，最少需要95%以上的可靠性，如果是模式生物的话，也就是蛋白得分需要超过60分，不过一般串联质谱的结果都会在100分以上，那应该是非常可靠的，而且一级质谱和二级质谱的结果如果有很大偏差的话而且可靠性都在95%，那基本可以认为一级和二级都没有做好

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发表于 2014-1-22 17:22 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 youyou99 于 2014-1-22 17:18 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你说的阳性和阴性是什么意思？指蛋白鉴定成功与否吗？如果是这样的话那你的结果70%的可靠性是非常不可靠的，最少需要95%以上的可靠性，如果是模式生物的话，也就是蛋白得分需要超过60分，不过一般串联质谱的结果都会在100分以上 ...

麻烦你帮我看看这个点的二级质谱结果，是阴性还是阳性的？

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发表于 2014-1-22 17:22 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

鉴定成功与否。70%是指100个点哪去测序，有70个点公司说是阳性的，一级二级不一致，我分不清到底哪个算阳性，哪个算阴性？

remonte[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:23 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

我的不是模式生物

33号[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:24 资料个人空间短消息加为好友

小中大

看了一下你的给的点的结果，串联质谱，得分165，不过只给了两个肽段，成功是肯定成功鉴定了（阳性），但是如果多给几个肽段检索的话应该可以更高一点，帮我们做的那家公司是最少给4个肽段的，成功率也适当提高很多

8princess8[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:25 资料个人空间短消息加为好友

小中大

看了一下你的给的点的结果，串联质谱，得分165，不过只给了两个肽段，成功是肯定成功鉴定了（阳性），但是如果多给几个肽段检索的话应该可以更高一点，帮我们做的那家公司是最少给4个肽段的，成功率也适当提高很多，想深入交流就联系我的QQ：1026395628，祝好！

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对了，你怎么说得分是165呢，另一个网页的分值75，Peptide Summary Report (__-data-20090515-Ftioiaatt_dat).htm和Protein Summary Report (__-data-20090515-Ftioiaatt_dat).htm两个网页到底以哪个为准？它俩有什么区别？

[ 本帖最后由 8princess8 于 2014-1-22 17:28 编辑 ]

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发表于 2014-1-22 17:31 资料个人空间短消息加为好友

小中大

看了一下你的给的点的结果，串联质谱，得分165，不过只给了两个肽段，成功是肯定成功鉴定了（阳性），但是如果多给几个肽段检索的话应该可以更高一点，帮我们做的那家公司是最少给4个肽段的，成功率也适当提高很多

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同一个点，分别做了一级质谱和二级质谱，做一级时公司说是阴性，做了二级公司说是阳性，到底是阳性还是阴性？为什么一级二级结果不一致，正常吗？麻烦2dproteome帮我看看？

remonte[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:32 资料个人空间短消息加为好友

小中大

看了一下你的给的点的结果，串联质谱，得分165，不过只给了两个肽段，成功是肯定成功鉴定了（阳性），但是如果多给几个肽段检索的话应该可以更高一点，帮我们做的那家公司是最少给4个肽段的，成功率也适当提高很多

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同一个点，分别做了一级质谱和二级质谱，做一级时公司说是阴性，做了二级公司说是阳性，到底是阳性还是阴性？为什么一级二级结果不一致，正常吗？

dog002[使用道具]
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发表于 2014-1-22 17:34 资料个人空间短消息加为好友

小中大

一级阴性，二级阳性，那结果就是阳性，说明这个蛋白一级质谱没有鉴定成功，但是二级鉴定成功了，最后的结果当然是鉴定成功了。不过你给的407这个结果，不管是一级还是二级好像都没有成功啊！

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