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标题:【求助】关于氨基酸序列分析

is2011[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】关于氨基酸序列分析


提取了一个蛋白，做了MS/MS二级质谱和Denovo随机，得到N端11个氨基酸和3个随机片段。检索后发现我的蛋白N端11个氨基酸和一个已经测序的蛋白的N端11个氨基酸完全匹配，但是其余3个片段都不匹配，请问我可以用已知的这个蛋白来推测我的蛋白的结构和功能吗？BLAST后没有发现同物种同源蛋白，是否就可以说这是个新蛋白，可信度有多少？还有就是，可以把我的蛋白N端的11个氨基酸和3个片段连起来做功能和结构预测吗？
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wanglaoshi[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

如果你的蛋白是小鼠等模型生物或人的，那么发现新蛋白的机会很低。
最重要的是：要确认N端测序和Denovo的准确性。如果质谱谱图不好，其测序和Denovo结果很可能出错。
您如果能提供详细的谱图和测序结果，我们可以一起讨论一下。
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is2011[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 wanglaoshi 于 2014-1-24 21:34 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

如果你的蛋白是小鼠等模型生物或人的，那么发现新蛋白的机会很低。
最重要的是：要确认N端测序和Denovo的准确性。如果质谱谱图不好，其测序和Denovo结果很可能出错。
您如果能提供详细的谱图和测序结果，我们可以一起讨论一 ...

是家蝇幼虫体内的~~
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wanglaoshi[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #3 is2011 的帖子

家蝇……
那基本都是新蛋白
BLAST看看有没有同源的或相似的蛋白质吧，不过BLAST不出来也很正常，昆虫蛋白质差异太大，除了保守蛋白的功能区序列，家蝇大部分蛋白质的大部分序列与果蝇都有着极大的差异。
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coolcool[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

如果真的是新蛋白 蛋白序列可以确定吗
不知道你的一级扫描和二级碎片的分布 匹配度不高
只能自己解谱了
为什么没有N端测序和C端测序
N端说不定是信号肽序列 相同很正常
还有酶切 你用的是测序胰酶吗 可以用其他限制酶配合验证
可惜你的不知道序列 只有化学测序或者二级质谱测序分析
还有一种方法 已知N端序列 提RNA 设计引物 rt-pcr cDNA测序
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发表于 2014-1-24 21:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

该答辩了 错了 这个不是技术问题
是诠释问题 换个说法吧
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发表于 2014-1-24 21:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你的工作应该不止这些吧 也不止这一种蛋白吧
扬长避短
蛋白序列
功能
分布都不知道（打兔子制抗体来不及了）
请高手自圆其说吧 蛋白组学不是到发现差异 测序 就ok的
你的蛋白是条件诱导的吗 还是物种差异
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is2011[使用道具]
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发表于 2014-1-24 21:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢大家的帮助！^_^
我是先做活性筛选，再选蛋白测序，之后的事我想做也没时间了，马上就毕业了。
蛋白的测序工作是委托技术公司做的，他们只测出了几个随机序列。所以我就想知道，用得到的几个随机序列连在一起做生物信息学分析可不可以？
再次感谢！
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发表于 2014-1-24 21:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
显然……不可以……
首先不知道真实序列是不是相连，其次即使是相连，也不知道连接顺序
所以……放在一起解释可能篓子更大
你可以把重点放在一条序列上，预测下活性、可能的功能，让别人相信这就是活性区，等等……祝答辩顺利
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